结论：工厂里员工不持特种作业证上岗，处罚的对象通常包括员工本人和工厂（用人单位），具体处罚措施依据相关法律法规和违规情节的严重程度而定。
详细分析：
对员工本人的处罚：
- 法律依据：根据《中华人民共和国安全生产法》及相关特种作业安全规定，从事特种作业的人员必须经专门的安全技术培训并考核合格，取得《中华人民共和国特种作业操作证》后，方可上岗作业。
- 处罚措施：若员工未持证上岗，可能面临行政处罚，如罚款、警告等。具体罚款数额根据违规情节的严重程度和地方性法规的规定而定。此外，员工还可能因违规操作而承担事故责任，若造成严重后果，还可能涉及刑事责任。
对工厂（用人单位）的处罚：
- 法律依据：工厂作为用人单位，有义务确保员工具备从事相应工作的资质和条件。若工厂允许或默许未持证员工从事特种作业，将违反安全生产法律法规。
- 处罚措施：工厂可能面临行政处罚，包括但不限于罚款、停产整顿、吊销相关证照等。罚款数额通常较大，且可能因违规情节的严重程度而有所增加。若工厂的行为构成犯罪，如重大责任事故罪等，相关责任人员还可能面临刑事追究。
特殊情况下的责任划分：
- 若工厂能够证明已尽到合理的审查义务，如要求员工提供特种作业证并进行了核实，但员工仍通过伪造、变造等手段提供虚假证件上岗的，工厂的责任可能相对减轻。然而，这并不意味着工厂完全免责，因为工厂仍有义务确保工作场所的安全和员工的合规操作。
- 若员工在未持证的情况下擅自操作特种设备导致事故发生的，员工本人将承担主要责任。但工厂作为用人单位，若未采取有效措施防止此类事件发生，如未设置明显的安全警示标志、未提供必要的安全培训等，也可能承担一定的连带责任。
建议与后续行动：
- 工厂方面：应严格遵守安全生产法律法规，加强员工资质审查和管理，确保从事特种作业的员工均持证上岗。同时，应定期组织安全培训和演练，提高员工的安全意识和操作技能。
- 员工方面：应自觉遵守安全生产规定，取得相应资质后再上岗作业。若发现工厂存在违规行为或安全隐患，应及时向相关部门举报或寻求法律援助。
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