核心结论：法院已判决但发票收不回来时，账务处理需分情况讨论，主要涉及税务合规、财务核算及法律风险防范三个层面。以下是具体处理方案：

1. 税务处理：以法院判决替代发票作为税前扣除凭证

根据《企业所得税税前扣除凭证管理办法》（国家税务总局公告2018年第28号）第十四条，若因对方注销、撤销、依法被吊销营业执照等特殊原因无法补开、换开发票，可凭以下资料证实费用真实性后税前扣除：

• 法院判决书（证明交易真实性及金额）；
• 付款凭证（如银行转账记录、收据等）；
• 无法补开发票的证明材料（如对方企业注销公告、税务机关出具的无法开具发票证明等）。

操作建议：

• 整理判决书、付款记录等材料，形成完整的税前扣除证据链；
  
• 在企业所得税汇算清缴时，将上述资料留存备查，避免税务风险。

2. 财务核算：按判决书金额确认债权或损失

• 若判决支持收款：
  借记“应收账款”，贷记“主营业务收入/其他业务收入”及“应交税费—应交增值税（销项税额）”（若涉及增值税应税项目）。
  注意：若对方已无履行能力，需根据《企业会计准则第22号——金融工具确认和计量》计提坏账准备，并在实际发生损失时核销应收账款。

• 若判决支持付款（如赔偿款）：
  借记“管理费用/营业外支出”等科目，贷记“应付账款”或“银行存款”。
  若无法取得发票：需按上述税务处理方式，以判决书等资料作为税前扣除依据。

3. 法律风险防范：补充证据链并关注执行进展

• 申请强制执行：若对方未履行判决，及时向法院申请强制执行，通过查封、扣押财产等方式追回款项，降低实际损失。
  
• 完善合同条款：未来交易中，在合同中明确“发票开具义务及违约责任”，例如约定“若未按时开具发票，需按未开票金额的X%支付违约金”，增强约束力。
  
• 留存交易证据：除合同外，保存送货单、验收单、沟通记录等材料，辅助证明交易真实性，应对潜在税务稽查。

总结：发票缺失不影响法院判决的效力，但需通过判决书、付款记录等材料完成税务合规处理，并在财务核算中如实反映债权或损失。若涉及执行问题，可进一步向我咨询强制执行程序的具体操作。