连续请三个月事假，工资通常按无薪或按比例扣除处理，具体需结合公司规章制度、劳动合同及地方性法规综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 公司规章制度与劳动合同的约定

• 核心依据：根据《劳动合同法》第17条，劳动合同可约定“劳动纪律”条款，包括请假制度；第4条也规定，用人单位可依法制定规章制度，明确事假规则。
• 常见情形：
  • 若公司制度或合同明确规定“事假期间无工资”，且该制度经民主程序制定（如职工代表大会讨论、公示），则公司可依法扣除全部工资；
  • 若制度仅规定“事假按日扣除工资”，则需按实际请假天数折算扣除（如月工资÷21.75天×请假天数）；
  • 若制度未明确规定，则需参考地方性法规或行业惯例。

2. 地方性法规的特殊规定

• 部分地区限制：如《江苏省工资支付条例》第26条规定，劳动者事假期间，用人单位可不支付工资，但每日扣除不得超过劳动者当月日工资的200%（即最多扣双倍日工资）；
• 其他地区：多数地区无此类限制，公司可自行约定扣除比例，但不得低于当地最低工资标准（如请假后实发工资不得低于最低工资）。

3. 连续请假与劳动关系的影响

• 风险提示：若劳动者连续请假超过公司制度或合同规定的期限（如30天），公司可能依据《劳动合同法》第40条，以“不能胜任工作”为由解除合同，但需支付经济补偿；
• 例外情形：若请假事由符合《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》（如医疗期），则公司需支付病假工资（通常为当地最低工资的80%）。

4. 实务建议

• 劳动者：
  1. 提前查阅公司制度及合同，明确事假工资扣除规则；
  2. 若公司违规扣除，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
  3. 连续请假前，建议与公司协商工资支付方案，避免纠纷。
• 用人单位：
  1. 制定合法合规的请假制度，明确工资扣除标准；
  2. 对长期事假员工，定期沟通复工计划，必要时依法处理劳动关系；
  3. 保留请假审批记录及工资扣除依据，以备争议时举证。

总结：连续三个月事假的工资计算需以公司制度、合同约定及地方性法规为准，建议双方提前沟通并留存书面证据。如有具体争议，可进一步提供细节，我会为您详细分析。