关于就业协议补充条款中违约金的上限问题，这并非一个由法律直接规定具体数额的条款，而是需要根据具体情况，由协议双方当事人自行协商确定，并需严格遵守《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细解析：
一、违约金的合法性及适用情形
基本原则：
- 根据《劳动合同法》第25条，除非涉及专项培训（第22条）或竞业限制（第23条），否则用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。这是为了保护劳动者的权益，防止用人单位滥用违约金条款。
专项培训服务期：
- 若用人单位为劳动者提供专项培训费用并签订服务期协议，劳动者违反服务期约定的，应按约定支付违约金。但违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且应与服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用相匹配。
竞业限制：
- 对于负有保密义务的劳动者，用人单位可在劳动合同或保密协议中约定竞业限制条款，并约定经济补偿及违约金。违约金数额双方可协商确定，但需合理，通常不超过劳动者年收入的3倍，且用人单位需在劳动者离职后按月支付经济补偿，该补偿不得低于劳动者月工资的30%。
二、违约金的计算与标准（虽非直接规定上限，但提供计算参考）
服务期违约金：
- 计算方法通常为培训费用除以约定的服务年限，再乘以未履行的服务年限。这确保了违约金的补偿性，避免过高或过低的惩罚。
竞业限制违约金：
- 如前所述，通常不超过劳动者年收入的3倍，具体数额需根据双方协商和实际情况确定。
三、违约金的约定与调整原则（间接影响上限）
自愿与公平原则：
- 违约金的约定应遵循自愿和公平原则。当事人在平等、自愿的基础上约定违约金，并确保其数额合理，不过分高于或低于可能造成的损失。
调整机制：
- 根据《民法典》第585条，若约定的违约金低于实际损失，人民法院或仲裁机构可增加；反之，若过高，则可适当减少。这一机制确保了违约金的补偿性和合理性，也间接影响了违约金的上限设定。
四、关于违约金上限的特别说明
- 虽然法律没有直接规定就业协议补充条款中违约金的具体上限数额，但根据一些法律解释和司法实践，违约金一般不得超过合同总标的额的20%，或者实际损失的30%。然而，这个比例并非绝对，具体数额还需根据合同的实际情况、违约的严重程度以及可能造成的损失等因素来综合判断。
- 在专项培训服务期和竞业限制两种情形下，违约金的数额有更为明确的限制，即不得超过用人单位提供的培训费用或劳动者年收入的3倍（竞业限制情形下）。
五、建议
- 在签订就业协议补充条款时，双方应充分协商并明确违约金的数额或计算方式，确保其合法、合理且公平。
- 如对违约金的数额存在争议或不确定如何设定，建议咨询专业法律人士或律师，以获取更为准确和专业的建议。
综上所述，就业协议补充条款中违约金的上限并非由法律直接规定具体数额，而是需要根据具体情况由双方协商确定，并需严格遵守相关法律法规的规定。在设定违约金时，应充分考虑其合法性、合理性和公平性，以维护双方的合法权益。