结论：占有集体土地填土是否违法需分情况讨论，若未依法取得审批手续则构成违法，需承担行政处罚甚至刑事责任；若已履行合法程序则不违法。具体处理方式需结合土地性质、用途及行为后果综合判断。

一、违法性认定：分情形讨论

1. 未取得合法审批手续
   根据《土地管理法》第四十四条、第四十五条，占用集体土地进行填土等非农业建设行为，必须依法办理农用地转用审批手续或集体建设用地使用手续。若未取得县级以上人民政府批准，擅自改变土地用途或破坏土地原状，属于违法行为，具体表现为：

   • 行政违法：违反《土地管理法》第七十七条，由县级以上自然资源主管部门责令退还土地、限期拆除或没收地上建筑物，并可处以罚款（按占用面积每平方米100元至1000元标准）。
     
   • 刑事犯罪：若填土行为导致耕地大量毁坏（如基本农田5亩以上、其他耕地10亩以上），可能构成《刑法》第三百四十二条规定的“非法占用农用地罪”，处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。

2. 已取得合法审批手续
   若填土行为符合土地利用总体规划，并依法取得以下手续之一，则不构成违法：

   • 农用地转用审批（如将耕地转为建设用地）；
     
   • 集体建设用地使用许可（如用于乡村公共设施、公益事业或企业用地）；
     
   • 临时用地许可（如施工需要临时占用土地，期限一般不超过2年）。

二、处理方式：根据违法程度分层应对

1. 行政处理程序

   • 责令改正：自然资源主管部门发现违法行为后，会下达《责令停止违法行为通知书》，要求立即停止填土并恢复土地原状。
     
   • 行政处罚：对拒不改正的，依法作出处罚决定，包括罚款、没收违法所得、限期拆除等。
     
   • 申请强制执行：若当事人未履行处罚决定，主管部门可申请法院强制执行。

2. 刑事追责程序

   • 立案侦查：公安机关对涉嫌非法占用农用地罪的行为立案调查，收集证据（如土地毁坏程度鉴定、审批文件核查等）。
     
   • 提起公诉：检察机关审查后认为构成犯罪的，向法院提起公诉，由法院判决刑罚。
     
   • 刑事附带民事赔偿：若行为同时造成集体经济损失（如土地复垦费用），法院可判决赔偿。

3. 民事救济途径

   • 集体组织维权：根据《民法典》第二百六十五条，集体经济组织可要求侵权人返还土地、赔偿损失（如土地收益损失、复垦费用）。
     
   • 成员诉讼权：集体成员可依据《村民委员会组织法》第二十四条，通过民主程序决定是否对侵权人提起民事诉讼。

三、实务建议：合法用地关键步骤

1. 事前审批：占用集体土地前，务必向县级自然资源部门申请用地审批，明确土地用途、面积及期限。
   
2. 合同约束：与集体经济组织签订书面用地合同，明确双方权利义务（如土地复垦责任、补偿标准）。
   
3. 动态监管：用地期间接受自然资源部门监督检查，避免超范围、超期限使用土地。
   
4. 争议解决：若与集体或成员发生纠纷，优先通过协商、调解解决；协商不成可申请乡镇政府调解或直接起诉。

提示：集体土地管理涉及《土地管理法》《刑法》《民法典》等多部法律，具体案件需结合土地性质、审批文件、行为后果等综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律风险。