事业单位因员工出国而扣除其年休假，这一做法是否合法，需分情况讨论：
若员工出国是因私事，且未占用工作时间：
- 在这种情况下，员工出国是其个人行为，与工作无关。年休假是员工依法享有的休息休假权利，用于员工自主安排休息和娱乐等活动。事业单位不应因员工个人私事出国而扣除其年休假。这种做法缺乏法律依据，且可能侵犯员工的合法权益。
若员工出国是因公事，且占用了正常工作时间：
- 如果员工出国是执行工作任务或参加公务活动，且因此占用了正常的工作时间，那么事业单位在安排员工补休或支付加班费后，再考虑是否扣除年休假是合理的。但关键在于，扣除年休假必须基于员工已经获得了相应的补休或加班费补偿，且扣除的年休假天数应与实际占用的工作时间相对应。如果事业单位未经合理补偿就直接扣除年休假，则可能构成违法。
若事业单位有明确的规章制度，且该制度合法合规：
- 事业单位可以制定内部规章制度来规范员工的休假行为。但如果这些规章制度中规定了因员工出国而扣除年休假的条款，必须确保这些条款不违反国家法律法规的强制性规定，且已经过民主程序制定并公示给员工。如果规章制度违法或未经合法程序制定，那么其中关于扣除年休假的条款将无效。
法律背景与建议：
- 根据《职工带薪年休假条例》等相关法律法规，员工依法享有年休假权利，事业单位应保障员工这一权利的实现。
- 如果事业单位因员工出国而扣除年休假，且该做法缺乏法律依据或违反规章制度，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
- 对于事业单位而言，应制定合法合规的规章制度，并明确年休假的安排和扣除条件。在处理员工休假问题时，应遵循公平、公正、合理的原则，确保员工的合法权益不受侵犯。
可能后果：
- 如果事业单位违法扣除员工年休假，可能面临劳动监察部门的处罚，包括责令改正、罚款等。
- 员工也可能因此提起劳动仲裁或诉讼，要求事业单位支付违法扣除年休假期间的工资报酬及赔偿金等。
总结与提醒：
事业单位因员工出国而扣除年休假是否合法，需根据具体情况来判断。如果员工出国是因私事且未占用工作时间，或事业单位未经合理补偿就直接扣除年休假，则可能构成违法。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。