两市交界确权中，国土三调的结果具有法律效力，但具体效力需结合确权目的、程序及后续使用情况综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

1. 国土三调的法律地位

国土三调（第三次全国国土调查）是国务院部署的重大国情国力调查，其成果经依法公示、验收后，具有法定效力。根据《土地管理法》及相关规定，国土调查成果是土地管理、规划、确权等工作的基础依据，具有公信力和证据效力。在两市交界区域，国土三调结果通常作为土地权属、用途、面积等信息的权威认定依据。

2. 确权中的法律效力

• 权属确认：若确权目的是明确土地所有权或使用权（如集体土地所有权、国有土地使用权），国土三调结果可作为权属来源的初步证据。但需结合历史档案（如土地登记资料、权属证书）和现场调查，最终以自然资源部门的确权决定为准。
• 纠纷解决：在土地权属争议中，国土三调结果常被作为关键证据提交。若双方无相反证据推翻，法院或行政机关可能直接采纳其作为认定事实的依据。
• 规划与利用：确权后土地的规划用途（如建设用地、农用地）需以国土三调结果为基础，但若涉及规划调整，需依法履行变更程序。

3. 特殊情形下的效力限制

• 历史遗留问题：若交界区域存在历史权属争议（如“飞地”、插花地），国土三调可能仅反映现状，需结合历史协议、行政裁决等文件综合判断。
• 程序瑕疵：若确权过程中未依法公示、听取利害关系人意见，或国土三调成果存在明显错误（如面积误差、权属标注错误），其效力可能被挑战。
• 动态更新：国土调查成果会定期更新（如年度变更调查），确权后若土地状况发生变化（如征收、转让），需以最新调查结果为准。

4. 实务建议

• 确权前：建议核对国土三调成果与历史权属资料的一致性，必要时申请更正调查或补充调查。
• 确权中：确保程序合法（如公示、听证），留存完整证据链，避免因程序瑕疵影响结果效力。
• 争议解决：若对确权结果有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，国土三调成果将作为重要证据接受审查。

总结：国土三调在两市交界确权中具有重要法律效力，但需结合具体程序和证据综合判断。若您涉及此类问题，建议提供详细背景（如确权类型、争议焦点），以便进一步分析。