在土地上搞农业深加工是否违法，不能一概而论，这主要取决于土地的性质、用途以及是否符合相关法律法规的规定。以下从不同角度为你详细分析：
土地性质与用途：
- 如果土地是农用地（如耕地、林地等），且按照法律规定，其用途是用于农业生产，那么在这类土地上直接进行农业深加工（如建设加工厂、仓库等）可能是违法的。因为这改变了土地的农业用途，违反了土地管理法中关于土地用途管制的规定。
- 如果土地是建设用地（如工业用地、商业用地等），且已经依法取得了相应的土地使用权，那么在这类土地上进行农业深加工通常是合法的，前提是符合当地的规划、环保等要求。
法律法规的遵守：
- 无论土地性质如何，进行农业深加工都必须遵守相关的法律法规，包括但不限于土地管理法、城乡规划法、环境保护法等。例如，如果加工过程中产生污染，必须确保有有效的污染治理措施，否则可能面临环保部门的处罚。
- 此外，如果农业深加工项目涉及建设，还需要办理相关的建设手续，如施工许可证、规划许可证等。
特殊情况与例外：
- 在某些地区，为了促进农业发展，政府可能出台相关政策，允许在特定条件下在农用地上进行农业深加工。这种情况下，需要仔细研究当地政策，确保符合所有条件。
- 另外，如果农业深加工项目属于农业科技示范、农业观光旅游等范畴，且符合当地农业发展规划，也可能获得特殊许可。
法律建议：
- 在决定在土地上进行农业深加工前，务必先了解清楚土地的性质和用途，以及当地的法律法规和政策要求。
- 如果对土地性质或用途有疑问，可以向当地土地管理部门咨询，或者委托专业机构进行土地性质鉴定。
- 在办理相关手续时，务必确保所有手续齐全、合法，避免因手续不全而面临法律风险。
可能的法律后果：
- 如果未经批准擅自改变土地用途或进行违法建设，可能面临土地管理部门的处罚，包括罚款、责令恢复原状等。
- 如果加工过程中违反环保法规，可能面临环保部门的处罚，甚至可能被责令停产整顿。
总之，在土地上搞农业深加工是否违法，需要综合考虑土地性质、用途以及是否符合相关法律法规的规定。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。