运输企业员工的加班工资计算是一个涉及多个因素的过程，需要严格遵循《中华人民共和国劳动法》及相关规定。下面我将为您详细解释加班工资的计算方法：

一、加班工资的计算基数

加班工资的计算基数通常根据劳动合同中约定的劳动者本人所在岗位相对应的工资标准来确定。如果劳动合同中没有明确约定，那么会按照以下原则来处理：

1. 有集体合同：则按照集体合同规定的标准来执行。
2. 无集体合同：对于实行岗位技能工资制的单位，以职工本人的岗位工资与技能工资之和为基数；对于实行其他工资制度的单位，则以职工正常出勤满勤情况下的个人月工资收入（不包括奖金、津贴等）为基数。日工资基数则是月工资收入除以月计薪天数，月计薪天数通常为21.75天。

二、加班工资的计算倍数

根据《劳动法》第四十四条的规定，加班工资的计算倍数如下：

1. 工作日延长工作时间：支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。
2. 休息日安排工作又不能安排补休：支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
3. 法定休假日安排工作：支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

三、具体计算公式

1. 工作日加班工资 = 加班工资基数 × 150% × 加班小时数 ÷ 8（这里将小时转换为日工资比例，因为日工资是基于8小时工作制来计算的）。
2. 休息日加班工资 = 加班工资基数 × 200% × 加班天数（或加班小时数换算成的天数，如果加班时间不是整天，则需要按比例计算）。
3. 法定休假日加班工资 = 加班工资基数 × 300% × 加班天数（或加班小时数换算成的天数，同样，如果加班时间不是整天，也需要按比例计算）。

四、示例说明

假设某运输企业员工的月工资收入为6000元，某月他在工作日延长工作时间4小时，在休息日加班1天，在法定休假日加班半天。那么他的加班工资计算如下：

1. 工作日加班工资 = 6000 ÷ 21.75 × 150% × 4 ÷ 8 ≈ 206.90元
2. 休息日加班工资 = 6000 ÷ 21.75 × 200% × 1 ≈ 551.72元
3. 法定休假日加班工资 = 6000 ÷ 21.75 × 300% × 0.5 ≈ 413.79元

该员工当月的总加班工资为：206.90 + 551.72 + 413.79 = 1172.41元。

五、特殊工时制度的处理

对于符合条件的职工（如长途运输人员），如果经劳动部门批准后实行不定时工作制，那么他们无需另行支付加班费用。另外，如果实行综合计算工时工作制，在综合计算周期内，总实际工作时间超过总法定标准工作时间的部分，应视为加班，并按相应标准支付加班工资。

综上所述，运输企业员工的加班工资计算方式需要综合考虑多种因素，包括劳动合同约定、工作性质、公司政策及法律法规等。在实际操作中，企业应严格遵守相关规定，确保加班费的计算准确、合法，以维护员工的合法权益和企业的稳定发展。