被告人在上诉期内撤回上诉，法院将按照以下流程进行处理：

首先，法院会接收并审查被告人提交的撤回上诉申请。这一申请通常需要以书面形式提出，以确保其真实性和有效性。在审查过程中，法院会确认撤回申请是否确属被告人的真实意思表示，并且会评估该撤回是否可能损害国家利益、社会公共利益或他人的合法权益。

如果法院经审查认为，撤回上诉的申请符合法定条件，即确为被告人的真实意愿且无损于他人权益，那么法院将裁定准许撤回上诉。一旦裁定准许，原审判决即发生法律效力。这意味着，一审判决将成为最终判决，被告人需要按照一审判决的内容来履行相应的义务。

值得注意的是，一旦被告人在上诉期内撤回上诉并得到法院的准许，那么他就失去了再次就同一个案件以同一理由提起上诉的权利。除非在后续过程中出现了法定的新事实或新证据，否则被告人将不能再次提起上诉。

如果被告人不履行已经生效的一审判决，那么对方当事人有权向法院申请强制执行。在强制执行程序中，法院有权采取一系列措施来确保判决的履行，包括但不限于查封、扣押、拍卖被告人的财产等。

综上所述，被告人在上诉期内撤回上诉是一个需要慎重考虑的决定，因为它将直接影响到一审判决的生效和履行。在做出决定之前，被告人应该充分了解相关法律后果，并权衡利弊。如果确实需要撤回上诉，那么应该按照法定程序向法院提交申请，并等待法院的审查和处理。