结论：员工工资合同用公司工资发放，考核用劳务发放，这种做法在法律上存在一定风险，可能不符合相关规定，具体需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、法律角度分析
工资支付规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。这里的“工资”通常指的是劳动者因提供劳动而应得的全部报酬，包括基本工资、奖金、津贴等。
- 如果公司将部分工资（如考核部分）通过劳务方式发放，可能涉嫌规避法律对工资支付的规定，尤其是当这种发放方式导致劳动者实际收入减少或支付不及时时。
劳务关系与劳动关系的区别：
- 劳务关系通常指的是一方提供劳务，另一方支付报酬的民事法律关系，双方地位相对平等，不受劳动法的严格保护。
- 劳动关系则受到劳动法的严格保护，包括最低工资标准、工作时间、休息休假、社会保险等。
- 如果公司将考核部分作为劳务报酬发放，可能试图将劳动关系转化为劳务关系，从而规避劳动法的相关规定，这种做法在法律上是不被认可的。
二、实际操作角度分析
合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了工资的构成及支付方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照合同约定支付工资是合法的。
- 但如果合同中没有明确约定，或者约定模糊，公司单方面将考核部分作为劳务报酬发放，可能引发劳动争议。
税务和社保问题：
- 工资和劳务报酬在税务和社保方面的处理是不同的。工资需要缴纳个人所得税，并计入社会保险的缴费基数；而劳务报酬虽然也需要缴纳个人所得税，但通常不计入社会保险的缴费基数。
- 如果公司将部分工资作为劳务报酬发放，可能涉及税务和社保的违规操作，面临税务和社保部门的处罚。
三、建议
明确合同约定：
- 公司应在劳动合同中明确约定工资的构成及支付方式，包括基本工资、奖金、津贴等，以及考核部分的支付方式和标准。
遵守法律法规：
- 公司应严格遵守劳动法的相关规定，确保工资的按时足额支付，不得克扣或无故拖欠。
咨询专业律师：
- 如果公司对工资支付方式存在疑问或需要调整，建议咨询专业律师，以确保合规性并降低法律风险。当然，你有问题也可以直接向我咨询，我专注于公司事务、劳动纠纷等领域，能够为你提供专业的法律意见。
考虑员工感受：
- 公司在调整工资支付方式时，应充分考虑员工的感受和利益，避免引发不必要的劳动争议和负面影响。
综上所述，员工工资合同用公司工资发放，考核用劳务发放的做法在法律上存在一定风险。公司应谨慎处理工资支付方式，确保合规性并维护员工的合法权益。