针对二人公司中股东不配合签字注销的问题，这确实是一个复杂且需要细致处理的法律情况。以下是我为您提供的详细解答，包括法律文件准备和替代方案：
一、法律文件准备
公司章程与股东协议：
- 首要步骤是仔细查阅公司章程和股东协议，特别是关于公司解散、清算和注销的条款。这些文件可能包含在特定条件下（如股东不配合）如何推进注销流程的特殊规定。
书面通知与送达凭证：
- 若协商无果，应准备一份正式的书面通知，明确要求不配合的股东在合理期限内配合注销事宜。
- 采用可靠的方式（如邮寄、电子邮件并附上回执，或直接送达并由股东签字确认）确保通知的送达，并妥善保留送达凭证。
股东会决议（如适用）：
- 如果公司章程或法律允许，在符合法定条件的情况下，召集股东会就注销事宜进行讨论并表决。即使部分股东不配合，只要达到法定多数，决议即有效。
- 决议中应明确记录不配合股东的情况，并可考虑对其采取限制权利等措施（需符合公司章程和法律要求）。
清算报告与相关财务报表：
- 在清算过程中，需要编制资产负债表和财产清单，制定清算方案，并报股东会或人民法院确认。
- 清算结束后，清算组应制作清算报告，详细记录清算过程、财产分配情况等。
诉讼材料（如提起诉讼）：
- 如果决定通过法律途径解决，需要准备充分的证据材料，包括公司章程、股东决议、书面通知及送达凭证、清算报告等。
- 编写起诉状，明确诉讼请求和事实理由，并附上相关证据材料。
二、替代方案
沟通协商：
- 深入了解原因：与不配合的股东进行深入沟通，了解其不合作的具体原因，可能是对清算结果有异议、对注销流程不了解或有其他利益诉求。
- 寻求共识：通过友好协商，尝试达成一个双方都能接受的解决方案，如经济补偿、股权调整或其他形式的权益安排。
股权转让：
- 对内转让：尝试说服不配合的股东将其股权转让给另一位股东，使公司变成一人有限责任公司，然后按照相应程序办理注销。
- 对外转让：如果不愿意内部转让，可寻找外部受让方。在同等条件下，其他股东有优先购买权。转让完成后，根据新的股权结构决定是否继续推进注销事宜。
司法解散公司：
- 当公司经营管理发生严重困难，继续存续会使股东利益受到重大损失，且无法通过其他途径解决时，持有公司全部股东表决权百分之十以上的股东可以向人民法院请求解散公司。
- 收集相关证据，如公司持续两年以上无法召开股东会、股东表决无法达到法定比例等，向有管辖权的人民法院提起解散公司的诉讼。
强制清算：
- 在公司出现解散事由后，如果逾期不成立清算组、故意拖延清算或存在违法清算可能严重损害债权人或股东利益的情形，债权人或股东可以向人民法院申请强制清算。
- 法院组织强制清算程序结束后，清算组制作清算报告并报人民法院确认，然后报送公司登记机关申请注销公司登记。
三、注意事项
- 在整个过程中，务必注重证据的收集和保留，以维护公司和其他股东的合法权益。
- 即使最终成功注销公司，也需要按照相关法律法规要求进行清算和分配剩余财产。
- 强烈建议咨询专业的律师或法律顾问的意见，以确保行动符合法律法规要求，并最大限度地保护自己的合法权益。
希望以上解答能对您有所帮助。如果您在处理过程中遇到任何具体问题或需要进一步的法律建议，请随时咨询。