闯红灯被扣6分且罚款200元后，即使缴纳了罚款，被扣的分数也不会自动恢复，需通过下一个记分周期或参加学习考试来清除。以下是详细解释：

1. 记分周期制度：根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》，驾驶证的记分周期为12个月，从初次领证日期开始计算。在一个记分周期内，若累计扣分未满12分，罚款缴纳后，记分会在下一个记分周期开始时自动清零（即恢复12分）；若扣满12分，则需参加学习并通过考试后才能清零。

2. 扣分与罚款的关系：闯红灯的处罚包括罚款和扣分两部分，二者独立执行。缴纳罚款是履行行政处罚的义务，而扣分是交通管理部门对驾驶人违法行为的记录。因此，缴纳罚款不会直接影响扣分，扣分需通过记分周期或学习考试来清除。

3. 特殊情况处理：若在一个记分周期内扣分达到或超过12分，驾驶人需参加为期7日的交通安全法律、法规学习，并通过科目一考试后，记分才能清零。若拒绝参加学习或考试，公安机关交通管理部门将公告其驾驶证停止使用。

建议：为避免扣分累积影响驾驶资格，建议严格遵守交通规则，减少违法行为。若已扣分，可通过“交管12123”APP查询记分情况，并在记分周期结束前关注清零时间。如有其他疑问，可直接向我咨询。