工厂员工抽烟的罚款上限需结合具体情形判断，一般分为以下两种情况：

1. 工厂内部规章制度约束
   若工厂通过民主程序（如职工代表大会讨论）制定了合法有效的《员工手册》或《安全生产管理制度》，明确规定工作场所禁止吸烟并设定罚款标准，则罚款金额需同时满足以下条件：

   • 不得超过月工资的20%：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因员工本人原因造成经济损失的赔偿，每月扣除部分不得超过当月工资的20%。若工厂以“违反禁烟规定”为由罚款，实质上属于经济损失赔偿范畴，需受此限制。
     
   • 不得低于当地最低工资标准：扣除罚款后，员工实发工资不得低于当地最低工资水平，否则工厂涉嫌违法。
     示例：若员工月工资5000元，工厂最高可罚款1000元（5000×20%），且扣除后实发工资不得低于当地最低标准。

2. 行政处罚情形
   若工厂属于《消防法》或《安全生产法》规定的“禁止吸烟场所”（如易燃易爆物品生产储存单位），员工违规吸烟可能面临行政处罚，但处罚对象通常是工厂而非员工个人：

   • 对工厂的处罚：消防部门可责令停产停业，并处5000元至5万元罚款（《消防法》第六十三条）。
     
   • 对员工的处罚：若员工行为构成“在具有火灾、爆炸危险的场所吸烟”，可处5日以下拘留或500元以下罚款；情节严重的，处5日以上10日以下拘留（《消防法》第六十三条）。
     关键点：行政处罚需由消防或应急管理部门依法作出，工厂无权直接对员工处以行政罚款。

实务建议：

• 工厂若需规范吸烟行为，建议通过奖励机制（如设立无烟区奖励）替代罚款，或确保罚款标准符合工资扣除比例限制。
  
• 员工若认为罚款违法，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁，主张返还超额罚款部分。
  

如有具体案例或工厂制度条款需要分析，可进一步提供细节，我将为您详细解答。