结论：借贷25000元但实到21000元的情况，其合法性取决于具体的借贷条款和是否存在额外的费用或利息扣除。若这4000元是作为利息或其他费用在借款时直接扣除，且该扣除符合相关法律法规的规定，则可能是合法的；但若这4000元的扣除没有合法依据，或者利息、费用过高，则可能涉及不合法的情况。
分析：
利息或费用的合法扣除：
- 在借贷关系中，如果双方约定了利息或某些费用，并且这些利息或费用在法律允许的范围内，那么借款人在收到借款时，贷款人从本金中扣除这些利息或费用是合法的。但关键在于，这种扣除必须明确、合理，并且符合相关法律法规的规定。
- 例如，如果双方约定的年利率在法律保护的范围内（目前，根据相关法律法规，民间借贷的年利率上限通常为一年期贷款市场报价利率的四倍），且这4000元正是按照这一利率计算出的利息，并在借款时一次性扣除，那么这种做法在法律上是允许的。
非法扣除或过高利息：
- 如果这4000元的扣除没有合法依据，比如双方并未约定利息或费用，或者约定的利息、费用过高，超出了法律保护的范围，那么这种扣除就是非法的。
- 在这种情况下，借款人可以主张贷款人返还多扣除的部分，或者要求按照实际收到的借款金额来计算利息和还款金额。
实际操作中的注意事项：
- 借款人在签订借贷合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于利息、费用的部分，确保自己清楚了解并同意这些条款。
- 如果对合同条款有疑问或不确定，应及时向贷款人咨询或寻求专业法律意见。
- 在收到借款时，借款人应核对实际收到的金额与合同约定的金额是否一致，如果发现不一致，应及时与贷款人沟通并查明原因。
建议：
- 如果你作为借款人遇到了这种情况，首先应查看借贷合同中的相关条款，了解这4000元的扣除是否有合法依据。
- 如果认为扣除不合法或利息过高，可以与贷款人协商解决；如果协商无果，可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益。
- 在未来的借贷活动中，建议更加谨慎地选择贷款人，并仔细阅读和理解借贷合同的条款，以避免类似的纠纷发生。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。