结论：在申请人同意二次流拍的涉案房屋以物抵债，且债权大于涉案房屋价值的情况下，法院能否裁定终结执行程序，并非仅由债权与房屋价值的对比关系决定，而是需综合考虑多种因素。以下从不同角度进行分析：
以物抵债的法律性质与执行程序
- 以物抵债是执行程序中的一种变通执行方式，当被执行人的财产无法通过拍卖、变卖等方式变现时，经申请执行人同意，可以将该财产作价抵偿债务。
- 在二次流拍后，若申请执行人同意以物抵债，法院通常会作出以物抵债的裁定，将涉案房屋交付申请执行人以抵偿部分或全部债务。
债权大于房屋价值时的处理
- 当债权大于涉案房屋的价值时，以物抵债仅能抵偿部分债务，剩余债务仍需继续执行。
- 法院在作出以物抵债裁定的同时，通常会明确剩余债务的继续执行方式，如要求被执行人继续履行还款义务，或对被执行人的其他财产采取执行措施。
法院裁定终结执行程序的条件
- 法院裁定终结执行程序通常需要满足一定的条件，如被执行人确无财产可供执行，或者申请执行人同意终结执行等。
- 在债权大于房屋价值的情况下，仅凭以物抵债并不足以清偿全部债务，因此法院通常不会仅因以物抵债就裁定终结执行程序，除非申请执行人明确表示放弃剩余债权或同意终结执行。
实际操作中的考虑因素
- 在实际操作中，法院会综合考虑被执行人的财产状况、申请执行人的意愿、执行成本等因素来决定是否终结执行程序。
- 如果被执行人除涉案房屋外确无其他财产可供执行，且申请执行人同意终结执行，那么法院可能会裁定终结执行程序。但如果申请执行人不同意终结执行，且被执行人仍有其他财产可供执行，那么法院将继续执行程序。
建议：
- 对于申请执行人而言，在同意以物抵债前，应充分了解涉案房屋的价值以及被执行人的其他财产状况，以便做出明智的决策。
- 如果债权远大于房屋价值，且被执行人确无其他财产可供执行，申请执行人可以考虑与被执行人协商达成和解协议，以分期还款或其他方式解决剩余债务问题。
- 在任何情况下，申请执行人都应保留好相关证据和文件，以便在需要时维护自己的合法权益。
如有任何进一步疑问或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。