结论：根据您描述的情况，若您与父亲签订了协议明确房子归您，现因协议履行或产权归属产生纠纷，您可以选择以“合同纠纷”或“物权确认纠纷”为案由向法院起诉，具体取决于纠纷的核心内容和您的诉求。以下是对这两种案由的详细分析：
一、合同纠纷
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。您与父亲签订的关于房子归属的协议，属于合同范畴。
适用情形：
- 如果纠纷的核心在于协议的履行，比如父亲反悔不愿将房子过户给您，或者其他人对协议的有效性提出质疑，阻碍您取得房子产权，您可以以“合同纠纷”为案由起诉。
- 在合同纠纷中，您需要证明协议的真实性、合法性以及您已履行协议中的相关义务（如支付购房款等），同时要求父亲履行协议，协助您办理房子过户手续。
诉讼准备：
- 收集并整理与父亲签订的协议、支付购房款的凭证、与父亲沟通记录等相关证据。
- 撰写起诉状，明确诉讼请求、事实和理由，并附上相关证据材料。
二、物权确认纠纷
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》中关于物权的规定，物权是权利人依法对特定的物享有直接支配和排他的权利。您若主张房子归您所有，实际上是在主张对房子的物权。
适用情形：
- 如果纠纷的核心在于房子的产权归属，比如房子目前仍登记在父亲名下，但您认为根据协议您应拥有房子的产权，且其他家庭成员或第三方对房子的产权提出异议，您可以以“物权确认纠纷”为案由起诉。
- 在物权确认纠纷中，您需要证明协议的有效性以及您基于协议应享有的物权，同时要求法院确认房子的产权归属。
诉讼准备：
- 同样需要收集并整理与父亲签订的协议、支付购房款的凭证等相关证据。
- 如果可能的话，还可以提供房子使用、管理等方面的证据，以证明您对房子的实际占有和使用情况。
- 撰写起诉状，明确诉讼请求、事实和理由，并附上相关证据材料。
建议：
- 在选择案由时，您应根据纠纷的具体情况和您的诉求进行综合考虑。如果纠纷主要围绕协议的履行展开，选择“合同纠纷”可能更为合适；如果纠纷主要围绕房子的产权归属展开，选择“物权确认纠纷”可能更为恰当。
- 无论选择哪种案由，都需要充分准备证据材料，并撰写详细的起诉状。如果您对法律程序不熟悉或感到困惑，可以随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议和指导。