案件清查可能违反的规定条款主要取决于清查的具体性质、目的以及执行过程中的行为方式。以下是一些可能涉及的规定条款，分情况说明：

1. 程序违法方面：

   • 《中华人民共和国刑事诉讼法》相关规定：若案件清查涉及刑事案件，必须严格遵守刑事诉讼法的程序规定。例如，搜查、扣押等侦查措施必须出示相应的法律文书，如搜查证、扣押决定书等，并由两名以上侦查人员执行。若未依法出示法律文书或未按规定程序执行，即构成程序违法。
   • 《中华人民共和国行政处罚法》相关规定：对于行政案件的清查，行政机关在调查或检查时，应当出示执法证件，表明身份，并告知当事人有权申请回避等。若未依法出示证件或未履行告知义务，同样构成程序违法。

2. 实体违法方面：

   • 超越职权或滥用职权：无论是刑事案件还是行政案件的清查，执行人员都必须在法定职权范围内行事。若超越职权范围进行清查，或滥用职权进行非法搜查、扣押等，即构成实体违法。
   • 侵犯公民合法权益：在清查过程中，必须尊重并保护公民的合法权益，如人身权、财产权等。若未经法定程序擅自限制公民人身自由、非法搜查公民住宅或扣押公民财物等，即构成对公民合法权益的侵犯。

3. 特定领域违法方面：

   • 招标投标领域：若案件清查涉及招标投标活动，必须遵守《中华人民共和国招标投标法》等相关法律法规。例如，不得泄露保密资料、不得与投标人进行串通投标等。若违反这些规定，即构成招标投标领域的违法。
   • 拆迁补偿领域：在拆迁补偿案件的清查中，必须遵守《国有土地上房屋征收与补偿条例》等相关法律法规。例如，不得采取暴力、威胁等非法方式迫使被征收人搬迁，不得违法拆除房屋等。若违反这些规定，即构成拆迁补偿领域的违法。

法律建议：

• 在进行案件清查时，务必确保所有行为都符合法律法规的规定，特别是程序方面的要求。
• 若对清查过程中的法律问题存在疑问或不确定，建议及时咨询专业律师，以确保清查行为的合法性和有效性。
• 对于已经发生的违法清查行为，当事人有权依法维护自己的合法权益，包括向相关部门投诉、申请行政复议或提起行政诉讼等。

可能后果：

• 若案件清查行为被认定为违法，相关责任人员可能会面临行政处分、刑事责任等法律后果。
• 同时，违法清查行为也可能对当事人的合法权益造成损害，当事人有权要求赔偿。

如有任何关于案件清查或相关法律问题的疑问，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业、全面的法律解答和建议。