关于“团购房指标转让协议是否合法”的问题，不能一概而论，需要具体分析不同的情况。以下是我根据相关法律法规和实务经验给出的详细解答：
核心结论
团购房指标转让协议的合法性主要取决于购房指标的性质、相关法律法规的规定以及转让协议的具体内容。一般来说，商品房团购指标的转让在符合一定条件下是合法的，但经济适用房、单位集资房、小产权房等带有特殊性质的购房指标转让可能因违反相关法律法规而无效。
具体分析
商品房团购房指标转让：
- 合法性：在法律、行政法规未明确禁止，且购房指标不具有人身属性，同时指标房建设方（开发商）同意指标转让的情况下，商品房团购房指标的转让是合法的。
- 法律依据：根据合同法等相关法律法规，债权可以转让，购房指标作为债权的一种，其转让在符合上述条件时有效。
特殊性质购房指标转让：
- 经济适用房：由于经济适用房具有强烈的人身专属性、公益性和保障性，转让此类房屋指标的协议通常因违反《合同法》的相关规定而无效。
- 单位集资房：单位集资房通常纳入经济适用住房范围，且相关部门已停止办理相关审批手续，因此违法集资的任何交易行为因损害了房地产市场秩序等社会公共利益而无效。
- 小产权房：小产权房建造在农村集体土地上，具有强烈的人身属性，转让这类房屋指标的协议因违反合同法、土地管理法等法律的效力性强制性规定而应认定为无效。
转让协议的具体内容：
- 转让协议应明确双方的权利义务，包括转让费、信息传达、违约责任等。
- 转让方应确保指标的真实性和有效性，受让方应了解并接受指标的性质和限制。
- 双方应就指标转让事宜通知指标房建设方，并征得同意。
法律建议
- 在签订团购房指标转让协议前，务必了解购房指标的性质和限制，确保转让的合法性。
- 转让协议应详细、明确，双方应充分沟通并理解协议内容。
- 如遇纠纷，应及时咨询专业律师，通过法律途径维护自身权益。
综上所述，团购房指标转让协议的合法性需根据具体情况而定。在签订协议前，建议双方充分了解相关法律法规和实务经验，确保转让的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。