劳动合同中员工承担赔偿损失是否合法，需根据具体情况分析，不能一概而论。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、合法情况
员工故意或重大过失导致损失
- 合法性分析：根据《中华人民共和国民法典》第一千一百九十一条，用人单位的工作人员因执行工作任务造成他人损害的，由用人单位承担侵权责任。但用人单位承担侵权责任后，可以向有故意或者重大过失的工作人员追偿。这意味着，在员工存在故意或重大过失导致公司损失的情况下，公司要求员工承担赔偿责任具有法律依据。
- 实例说明：如仓库管理员明知仓库禁止吸烟却仍违规操作，引发火灾并给公司造成巨大财产损失。在此情况下，公司在承担相关责任后，有权向该管理员追偿。
劳动合同或规章制度有明确规定
- 合法性分析：若劳动合同中包含员工在特定情形下需承担公司损失责任的条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，则公司要求赔偿具有合法性。同时，公司规章制度也需经过民主程序制定并向员工公示告知，其中明确规定的赔偿责任才对员工具有约束力。
- 注意事项：赔偿金的数额应是双方协商一致的结果，且应合理、公平，不能过高或过低。若赔偿金数额过高，可能会被视为显失公平而被法院或仲裁机构调整。
特定情形下的赔偿金约定
- 服务期约定：用人单位为劳动者提供专项培训费用，并进行专业技术培训的，可与劳动者订立协议，约定服务期。若劳动者违反服务期约定，应按约定向用人单位支付违约金，但违约金数额不得超过用人单位提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
- 竞业限制约定：用人单位与劳动者可在劳动合同中约定保守商业秘密和知识产权相关的保密事项。对于负有保密义务的劳动者，用人单位可在劳动合同或保密协议中约定竞业限制条款，并在解除或终止劳动合同后，按月给予经济补偿。若劳动者违反竞业限制约定，应按约定向用人单位支付违约金。
二、不合法情况
员工轻微过失或一般工作失误
- 合法性分析：若员工仅存在轻微过失或一般工作失误，并未给公司造成实质性重大损失，公司要求员工承担全部或大部分损失是不合法的。劳动关系具有从属性和风险性，企业作为经营主体应承担一定的经营风险。
- 实例说明：如销售人员按照公司销售策略和流程进行业务推广，但因市场环境变化等不可预见原因导致订单丢失。在这种情况下，让销售人员承担公司损失不合理。
规章制度未公示或未经民主程序
- 合法性分析：若公司规章制度未经民主程序制定或未向员工公示告知，公司要求员工基于此类规章制度承担损失缺乏合法性基础。
赔偿要求超出合理范围
- 合法性分析：即使员工存在故意或重大过失，公司要求的赔偿金额若明显超出员工过错行为实际造成的损失范围或员工的承受能力，这种赔偿要求也可能不被法律支持。
员工无过错
- 合法性分析：若公司利益的损失并非由于员工的过错造成，而是由不可抗力、公司自身管理不善或其他非员工因素导致，让员工承担损失是不合法的。
三、赔偿方式与限度
- 赔偿方式：赔偿方式可通过协商确定，包括一次性赔偿或按月从工资中扣除。
- 赔偿限度：根据《工资支付暂行规定》，每月扣除的工资部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
四、员工权益保护
- 沟通协商：员工对公司要求其承担损失的行为存在异议时，可首先与公司进行沟通协商。
- 法律途径：协商不成时，员工可向劳动监察部门投诉，或通过劳动仲裁、诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。
- 提供证据：在维权过程中，员工应提供充分证据来证明自己的行为与公司损失之间不存在因果关系，或自己不存在故意或重大过失行为。
总结：劳动合同中员工承担赔偿损失是否合法，需根据损失的成因、劳动合同及规章制度的约定、以及赔偿要求的合理性进行综合判断。若您在此方面遇到具体问题，欢迎直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。