公立医院科室外包在大多数情况下是违法的，且存在诸多法律风险和实际问题。以下是对这一问题的详细分析：

法律依据与违法性判断

1. 《中华人民共和国基本医疗卫生与健康促进法》第一百条：

   • 该条款明确规定，医疗卫生机构不得对外出租、承包医疗科室。违反此规定者，将面临严厉的行政处罚，包括责令改正、没收违法所得、高额罚款（违法所得二倍以上十倍以下，违法所得不足一万元的，按一万元计算）以及对直接责任人员的处分。

2. 《医疗机构管理条例》及相关规定：

   • 医疗机构执业必须遵守有关法律、法规和医疗技术规范，以救死扶伤、防病治病、为公民的健康服务为宗旨。医院将科室承包出去的行为，违背了医疗机构应依法依规执业的要求，扰乱了正常的医疗管理秩序。
   • 出卖、转让、出借《医疗机构执业许可证》的，将面临严厉处罚。虽然科室承包不完全等同于这些行为，但在实际执法中，可参照相关条款进行处罚。

3. 《关于城镇医疗机构分类管理的实施意见》：

   • 该意见严禁任何形式的“科室承包”“科室出租”等行为，旨在规范医疗机构的运营模式，保证医疗服务的质量和安全，维护患者的合法权益。

违法情形细化

• 政府举办的医疗卫生机构与其他组织投资设立非独立法人资格的医疗卫生机构：

  • 这种行为同样被视为违法，因为它可能导致医疗资源的分散和管理混乱。

• 医疗卫生机构直接对外出租或承包医疗科室：

  • 这是最直接的违法情形，医院将科室承包给非本机构人员或其他机构，以本机构名义开展诊疗活动，严重扰乱了医疗市场秩序。

• 非营利性医疗卫生机构向出资人或举办者分配或变相分配收益：

  • 这种行为也违反了相关法律法规，因为非营利性医疗卫生机构的宗旨是为公民提供医疗服务，而非追求经济利益。

管理法规与实际风险

1. 管理混乱与责任不清：

   • 科室外包往往导致实际开展的诊疗活动超出核准登记的范围，扰乱正常医疗秩序。同时，责任主体不明，一旦发生医疗事故或纠纷，患者权益难以保障，医院与外包方可能相互推诿责任。

2. 医疗质量与安全隐患：

   • 科室外包还可能导致医疗质量和安全双重风险。外包科室的人员资质和技术水平可能不达标，影响医疗服务质量；医疗设备采购、维护和管理可能存在不足，增加医疗安全风险。

特殊情况与合法合作界限

• 有限合作与严格监管：

  • 在某些特定情况下，医院与其他专业医疗机构可能进行技术协作、专家会诊等有限合作。但这种合作必须在保证医院对科室的管理和责任主体地位的前提下进行，并受到严格监管，以区别于科室外包的违法行为。

• 私立医院特殊情况：

  • 虽然私立医院在理论上可以对外承包科室，但也必须严格遵守相关法律法规，确保医疗卫生服务的合法性和质量。任何形式的违法承包都将面临法律责任。

法律后果与建议

1. 对医院的处罚：

   • 医院若违反相关规定，将可能面临没收非法所得、罚款甚至吊销《医疗机构执业许可证》的处罚。

2. 赔偿患者损失：

   • 如果承包科室在诊疗过程中给患者造成损害，医院作为责任主体，需要承担相应的赔偿责任。

3. 建议与提醒：

   • 相关部门应加强对医疗机构的监管，依法查处科室承包等违法行为。
   • 广大患者在选择医疗机构时，应仔细甄别，选择正规、合法的医疗机构，以保障自己的健康权益。
   • 医疗机构也应自觉遵守法律法规，规范自身行为，提供高质量、安全的医疗服务。

综上所述，公立医院科室外包行为在大多数情况下是违法的，且存在严重的法律风险和实际问题。相关主体应严格遵守法律法规，不得进行此类行为。对于确实需要外部合作的医疗机构，应通过合法的合作方式，如技术协作、专家会诊等，来提升医疗服务水平，并确保合作过程符合法律法规要求。如果你有任何关于医疗医患方面的法律问题，都可以直接向我咨询。