原配在这种情况下，可以通过以下几种方式来保障自身利益：

1. 收集证据，确认违法事实

   • 证据收集：原配需要收集能够证明老公与小三存在不正当关系以及老公为小三注册独资公司用于经营的相关证据。这些证据可以包括但不限于聊天记录、转账记录、公司注册文件、经营合同等。证据的收集要合法，不能通过非法手段获取，否则可能影响证据的效力。
   • 确认违法事实：在收集到足够证据后，原配可以确认老公的行为是否构成违法。一般来说，老公在婚姻关系存续期间，未经原配同意，擅自将夫妻共同财产用于为小三注册公司经营，可能构成对夫妻共同财产的侵害，违反了《民法典》中关于夫妻共同财产处理的规定。

2. 通过法律途径追回财产

   • 起诉离婚并要求分割财产：如果原配决定离婚，可以在起诉离婚时，要求对夫妻共同财产进行分割。根据《民法典》的规定，夫妻在婚姻关系存续期间所得的财产，归夫妻共同所有。老公为小三注册公司所投入的资金，如果属于夫妻共同财产，原配有权要求分割这部分财产，并追回被擅自处置的财产。
   • 提起侵权之诉：即使原配不打算离婚，也可以单独提起侵权之诉，要求老公和第三者返还被侵占的夫妻共同财产。在诉讼过程中，原配需要提供充分的证据证明老公和第三者的侵权行为，以及侵权行为与财产损失之间的因果关系。

3. 关注公司经营状况，防止财产进一步流失

   • 了解公司情况：原配可以通过合法途径了解小三所注册公司的经营状况，包括公司的资产、负债、盈利情况等。这有助于原配在后续的法律程序中，更准确地评估自己的损失，并制定相应的维权策略。
   • 申请财产保全：如果原配担心老公或小三会转移、隐匿公司财产，导致自己的权益受损，可以在提起诉讼前或诉讼过程中，向法院申请财产保全。法院会根据原配的申请，对公司的财产进行查封、扣押或冻结，以防止财产流失。

4. 考虑刑事追责（如构成犯罪）

   • 分析是否构成犯罪：在某些情况下，老公为小三注册公司并用于经营的行为，可能构成犯罪。例如，如果老公利用职务之便，将公司资金挪用给小三注册公司，可能构成挪用资金罪；如果老公与小三共同侵占公司财产，可能构成职务侵占罪等。
   • 向公安机关报案：如果原配认为老公的行为构成犯罪，可以向公安机关报案。公安机关会依法进行调查，如果查证属实，会追究相关人员的刑事责任。这不仅可以维护原配的合法权益，还可以对老公和小三起到震慑作用。

在处理这类问题时，原配需要保持冷静和理智，通过合法途径来维护自己的权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。