关于代建协议赔偿违约金的计算，这通常遵循合同法的一般原则以及可能存在的特定行业规定或双方当事人的约定。以下是对此问题的详细解答：
一、违约金的计算依据
以当事人约定为准：
- 如果代建协议中明确约定了违约金的具体数额或计算方式，并且这些约定不违反法律法规的强制性规定，那么在违约发生时，应按照协议中的约定执行。
约定过高或过低的调整：
- 如果约定的违约金数额过高，远超过因违约造成的实际损失，违约方有权请求法院或仲裁机构适当减少违约金。
- 相反，如果约定的违约金数额过低，无法合理弥补守约方的损失，守约方可以请求法院或仲裁机构增加违约金。
- 在调整违约金时，法院或仲裁机构会综合考虑实际损失、合同的履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等因素。
无约定时的处理：
- 如果代建协议中没有约定违约金，违约方应赔偿守约方因违约所遭受的实际损失。这些损失包括合同履行后可以获得的利益，但不得超过违约方在订立合同时预见到或应当预见到的因违约可能造成的损失。
二、违约金的计算方法和考虑因素
实际损失：
- 违约金的计算通常基于实际损失，包括直接损失（如已投入的资金、已完成的工程量等）和间接损失（如因违约导致的工期延误、利润损失等）。
行业标准或类似情形：
- 在没有具体约定的情况下，违约金的计算也可以参考行业标准或类似工程的违约赔偿情况。
过错程度：
- 违约方的过错程度也是计算违约金时需要考虑的因素。如果违约方的过错较重，可能需要承担更高的赔偿金额。
三、法律程序
协商：
- 在违约发生后，双方应首先尝试通过协商解决纠纷，明确违约金的数额和支付方式。
法律手段：
- 如果协商无果，守约方可以通过发送催款函、提起诉讼或申请仲裁等法律手段来维护自己的权益。在这些过程中，可能需要提供充分的证据来证明违约事实和损失大小。
综上所述，代建协议赔偿违约金的计算是一个复杂的过程，需要综合考虑多种因素。在实际操作中，建议双方当事人在签订协议时明确约定违约金的计算方式和数额，以减少后续纠纷的发生。如果发生纠纷，应尽快通过协商或法律手段解决。