关于协议违约起诉时赔偿金的计算问题，这是一个涉及合同法和民事赔偿的重要法律问题。下面我将结合相关法律规定和实务操作，为您详细解答。
一、违约金的计算依据
首先，违约金的计算应主要依据双方签订的协议或合同中的具体约定。如果协议中明确规定了违约金的数额或计算方法，那么应按照协议中的约定来执行。
二、违约金的具体计算方式
固定数额的违约金：
- 如果协议中直接约定了具体的违约金数额，比如“若一方违约，需向另一方支付XX元违约金”，那么违约方就应按照这个固定数额来支付。
约定损失赔偿额的计算方法：
- 如果协议中约定了违约金的计算方法，比如“按未履行部分金额的XX%计算违约金”，那么就需要根据这个方法来计算具体的违约金数额。
- 例如，若协议总金额为100万元，已履行80万元，未履行20万元，且约定违约金为未履行部分的20%，则违约金为4万元。
无约定或约定不明确时的处理：
- 如果协议中没有约定违约金或约定不明确，那么守约方可以根据因违约所造成的实际损失来主张赔偿。
- 实际损失包括直接损失（如额外支付的货款差价）和间接损失（如因违约导致的停产利润损失，但需具有确定性和可预见性）。
三、违约金的调整原则
根据法律规定，约定的违约金应与实际损失相符。如果约定的违约金过低或过高，当事人可以请求法院或仲裁机构进行调整：
- 过低调整：若约定的违约金低于造成的损失，守约方可以请求增加违约金，以弥补实际损失。
- 过高调整：若约定的违约金过分高于造成的损失（通常认为超过损失的30%），违约方可以请求适当减少违约金。
四、起诉主张违约金时的注意事项
准备充分证据：
- 在起诉主张违约金时，务必准备好充分的证据，包括证明对方存在违约行为、因违约给自己造成的损失以及协议约定的违约金条款等相关事实。
明确诉讼请求：
- 在起诉状中应明确诉讼请求，包括要求违约方支付的违约金数额或计算方法，以及要求违约方承担的其他责任（如赔偿损失、继续履行合同等）。
遵循法律程序：
- 起诉时应遵循法律程序，向有管辖权的法院提交起诉状和相关证据，并按照法院的要求参加庭审和调解等活动。
五、建议
- 在签订协议时，应明确表述违约金的计算方式和数额，并确保其合法性和合理性。
- 如果对违约金的计算或调整有疑问，建议咨询专业律师意见，以避免后续纠纷和风险。
综上所述，协议违约起诉时赔偿金的计算应主要依据协议中的约定，并遵循法律规定的调整原则。在起诉主张违约金时，应准备充分证据、明确诉讼请求，并遵循法律程序。希望这些解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时咨询。