大中型水库移民房屋拆迁协议并非一定由住建部门签订，具体签订部门需根据实际情况和相关规定来确定。以下从不同角度进行分析：

1. 法律法规依据：

   • 根据《大中型水利水电工程建设征地补偿和移民安置条例》等相关法律法规，水库移民房屋拆迁协议的签订通常涉及多个部门，包括但不限于水利部门、移民管理机构以及可能的地方政府相关部门。这些部门在拆迁过程中各自承担不同的职责，共同确保拆迁工作的顺利进行。
   • 住建部门主要负责城市建设和房屋管理等方面的工作，虽然在水库移民房屋拆迁过程中可能也会涉及，但并非必然是签订拆迁协议的主体。

2. 实际操作情况：

   • 在实际操作中，大中型水库移民房屋拆迁协议的签订可能因地区、项目性质、政府组织架构等因素而有所不同。有些地方可能由水利部门或移民管理机构作为主导部门，负责与移民签订拆迁协议；而有些地方则可能由地方政府相关部门（如住建部门、国土部门等）共同参与，根据各自职责分工签订协议。
   • 因此，要确定具体的签订部门，需要查阅当地的相关政策文件、政府公告或咨询相关部门以获取准确信息。

3. 建议与注意事项：

   • 对于水库移民而言，在签订房屋拆迁协议前，应仔细了解协议内容，包括拆迁补偿标准、安置方式、搬迁期限等关键条款，确保自己的合法权益得到保障。
   • 如果对协议内容有疑问或不满，应及时与相关部门沟通协商，寻求合理解决方案。必要时，可以寻求法律援助或咨询专业律师，以维护自己的合法权益。

总结来说，大中型水库移民房屋拆迁协议的签订部门并非固定为住建部门，而是根据实际情况和相关规定来确定。在签订协议前，移民应充分了解协议内容，并咨询相关部门或专业律师以确保自己的权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。