申请离职和自动离职在劳动关系解除的过程中存在明显的区别，以下是对这两者的详细解释：
申请离职：
申请离职，通常也被称为辞职，是劳动者根据劳动法规或劳动合同的规定，主动提出辞去工作从而解除与用人单位的劳动关系。这一行为一般有两种情况：
依法立即解除劳动关系：在某些特定情况下，如用人单位对职工有暴力或威胁行为强迫其劳动，不按合同约定支付工资等，职工有权随时向用人单位提出解除劳动合同的要求。
提前通知解除劳动关系：在大多数情况下，职工会根据自己的选择，提前30天（或根据劳动合同约定的其他期限）以书面形式通知用人单位，表达解除劳动合同的意愿。这种方式给予了用人单位足够的时间来寻找替代人员，确保工作的连续性。
申请离职是劳动者的合法权利，只要按照法定程序进行，就不会对劳动者产生不利影响。同时，劳动者在离职时也有权要求用人单位结算工资、经济补偿等应得权益。
自动离职：
自动离职，又称擅自离职，是指劳动者在终止劳动关系时不履行解除手续，擅自出走离岗，或者解除手续没有办理完毕而离开用人单位。这种行为通常被视为违法行为，因为它违反了劳动法规和劳动合同的规定。
自动离职的职工需要承担违约责任，这可能包括赔偿用人单位因职工擅自离职而造成的经济损失。此外，如果擅自录用自动离职职工的用人单位对原用人单位造成了经济损失，那么该用人单位也需要承担连带赔偿责任。
值得注意的是，根据相关停薪留职的文件规定，如果职工要求停薪留职但未经用人单位批准而擅自离职，或者停薪留职期满后既未要求回原单位工作又未办理辞职手续，用人单位有权按自动离职处理。在这种情况下，用人单位应依据相关规定对职工作出除名处理，并可能因此引发争议，该争议应按除名争议处理。
总结：
申请离职是劳动者的合法权利，只要按照法定程序进行，就不会产生不利影响；而自动离职则是一种违法行为，需要承担违约责任，并可能对劳动者的职业声誉和未来就业产生不利影响。因此，建议劳动者在离职时务必按照法定程序进行，以维护自己的合法权益和职业声誉。