工程保函的退还时间主要依据合同中的约定以及相关法律法规的规定，以下是对该问题的详细解答：

1. 合同有明确约定的情况：

   • 缺陷责任期届满后退还：在建设工程合同中，发包人与承包人通常会明确约定缺陷责任期，这个期限一般为1年，最长不超过2年。如果缺陷责任期届满，且工程没有出现质量问题或者已经修复，那么发包人应当按照合同约定退还工程保函。
   • 分阶段退还：合同中也可能约定按照工程进度分阶段退还工程保函。比如，在竣工验收合格后退还一部分，缺陷责任期届满一半时再退还一部分，剩余部分在缺陷责任期全部届满后退还。

2. 合同无约定或约定不明的情况：

   • 协议补充：如果合同对工程保函的退还时间没有约定或者约定不明确，双方应当首先通过协商达成补充协议，明确退还的时间和方式。
   • 依据合同相关条款或交易习惯：如果无法达成补充协议，那么可以根据合同的其他相关条款或者行业的交易习惯来确定退还时间。
   • 法定程序：如果仍然无法确定退还时间，承包人可以向发包人提交返还保证金申请。发包人应当在接到申请后的14天内核实情况，如果没有异议，应当在14天内退还工程保函。如果发包人逾期未退还，需要承担违约责任。

3. 特殊情况的影响：

   • 工程未经验收但发包人擅自使用：如果工程还没有经过验收，但是发包人已经擅自使用，那么以转移占有建设工程之日为竣工日期，工程保函的退还时间从该日期起算。
   • 工程质量问题：如果在质保期内出现质量问题，而承包人没有按照约定进行维修，那么发包人可以自行或者委托第三方进行维修，维修费用从工程保函中扣除。退还时间和金额将根据实际维修情况进行调整。

法律建议：

• 作为承包方，在签订合同时应当明确工程保函的退还方式和时间，避免后续出现纠纷。
• 在工程竣工后，及时与发包方沟通协商，确保工程保函能够按时退还。
• 如果遇到退还纠纷，可以依法采取法律手段维护自身权益，比如向法院提起诉讼或者申请仲裁。

可能后果：

• 如果发包人逾期未退还工程保函，需要承担违约责任，可能包括支付违约金、赔偿损失等。
• 如果因为工程保函退还问题引发诉讼或者仲裁，双方都需要投入大量的时间和精力去应对，还可能影响企业的声誉和信誉。

综上所述，工程保函的退还时间需要严格遵循合同约定及相关法律法规，双方在签订合同时应充分考虑各种情况，明确约定退还条款，以减少后续纠纷。如果遇到问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。