电站承包经营权设定40年期限是否合法，需结合具体法律规定与合同约定综合判断，一般情况下可能存在合法性风险。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律对承包经营权期限的一般规定
根据《中华人民共和国民法典》及相关法律法规，承包经营权的期限通常受到一定限制，尤其是涉及自然资源或公共设施的承包经营。对于电站这类涉及能源供应和公共利益的设施，其承包经营权的期限往往受到更为严格的监管。
自然资源承包经营期限：若电站承包经营涉及自然资源（如水资源用于发电），则需遵守《中华人民共和国民法典》中关于自然资源承包经营期限的规定。一般来说，这类承包经营期限不会长达40年，而是会根据自然资源的特性和利用需求设定合理的期限。
公共设施承包经营期限：电站作为公共设施，其承包经营权的期限也可能受到《中华人民共和国招标投标法》、《中华人民共和国政府采购法》等法律法规的约束。这些法律通常要求公共设施的承包经营权通过公开招标或政府采购程序获得，并设定合理的合同期限。
二、合同约定的合法性分析
即使法律未明确规定电站承包经营权的具体期限，合同双方在约定承包经营权期限时也需遵循以下原则：
合理性原则：承包经营权的期限应合理，既要考虑承包方的投资回报周期，也要考虑发包方的管理需求和公共利益。40年的期限可能过长，不利于发包方根据市场变化和技术进步调整经营策略。
公平性原则：合同条款应公平合理，不得损害国家、集体或第三人的利益。若40年期限导致发包方或第三方利益受损，则该条款可能因违反公平性原则而被认定为无效。
合法性原则：合同内容不得违反法律、行政法规的强制性规定。若40年期限违反了相关法律法规对承包经营权期限的限制，则该条款无效。
三、实际操作中的建议
审查相关法律法规：在签订电站承包经营合同前，应仔细审查相关法律法规对承包经营权期限的规定，确保合同条款合法合规。
合理设定合同期限：根据电站的实际情况、投资回报周期、市场变化等因素，合理设定承包经营权的期限。一般来说，较短的期限（如10-20年）更为常见且易于管理。
明确续期条件：若双方希望延长承包经营权期限，应在合同中明确续期条件、程序等事项，以避免未来产生纠纷。
咨询专业律师：在签订合同前，建议咨询专业律师的意见，确保合同条款的合法性和有效性。
总结来说，电站承包经营权设定40年期限可能存在合法性风险，具体需结合相关法律法规和合同约定综合判断。在签订合同时，应谨慎设定合同期限，并咨询专业律师的意见以确保合同条款的合法性和有效性。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。