结论前置：在破产案件终结后，破产管理人起诉股东出资的案件是可以进行调解的，但具体能否调解成功以及调解的具体内容，需根据案件具体情况和法律规定来判断。
一、调解的法律依据与原则
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，民事诉讼案件在审理过程中，双方当事人有权自行和解，也可以在法院的主持下进行调解。这一原则同样适用于破产管理人起诉股东出资的案件。
调解原则：
- 调解应遵循自愿、合法、公平、公正的原则。双方当事人应在平等、自愿的基础上进行协商，调解内容不得违反法律法规的强制性规定，也不得损害国家、集体或第三人的利益。
二、调解的适用情形
股东未履行或未全面履行出资义务：
- 若股东存在未履行或未全面履行出资义务的情况，破产管理人作为原告提起诉讼，要求股东在未出资本息范围内对公司债务不能清偿的部分承担补充赔偿责任。在此情形下，若股东愿意履行出资义务或与破产管理人达成其他和解协议，如分期缴纳出资、提供担保等，双方可以在法院的主持下进行调解。
股东抽逃出资：
- 若股东存在抽逃出资的行为，破产管理人同样可以起诉要求股东在抽逃出资本息范围内对公司债务不能清偿的部分承担补充赔偿责任。在此情形下，若股东愿意返还抽逃的出资或与破产管理人达成其他和解协议，如以其他财产抵偿、提供担保等，也可以进行调解。
其他损害债权人利益的情形：
- 除了上述两种情形外，若股东存在其他损害债权人利益的行为，如公司人格否认、清算义务人未依法履行清算义务等，破产管理人同样可以起诉要求股东承担相应的法律责任。在这些情形下，若双方愿意通过调解解决纠纷，也可以进行调解。
三、调解的具体流程与注意事项
调解流程：
- 双方当事人在法院的主持下进行调解，可以提出各自的调解方案。法院会根据双方当事人的意愿和案件的具体情况，提出调解建议。若双方当事人同意调解建议，可以签订调解协议，并由法院制作调解书。调解书经双方当事人签收后，即具有法律效力。
注意事项：
- 在调解过程中，双方当事人应充分了解案件的事实和法律规定，理性表达自己的诉求和意见。同时，应注意保护自己的合法权益，避免在调解过程中受到不公平的待遇。若调解不成或调解协议无法履行，双方当事人仍有权继续通过诉讼程序解决纠纷。
四、调解的优势与风险
优势：
- 调解具有高效、灵活、成本低等优势。通过调解解决纠纷，可以节省双方当事人的时间和精力，降低诉讼成本。同时，调解协议的内容可以根据双方当事人的意愿进行协商，更加符合实际情况和双方利益。
风险：
- 调解也存在一定的风险。若调解协议的内容不明确或存在漏洞，可能导致后续执行困难或产生新的纠纷。因此，在签订调解协议前，双方当事人应仔细审查协议内容，确保协议的合法性和有效性。
总结与建议：在破产案件终结后，破产管理人起诉股东出资的案件是可以进行调解的。若双方当事人愿意通过调解解决纠纷，可以在法院的主持下进行协商并签订调解协议。但在此过程中，双方当事人应充分了解案件的事实和法律规定，理性表达自己的诉求和意见，并注意保护自己的合法权益。若你对调解过程或调解协议的内容有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。