破产管理人在起诉出资人时，确实可以申请调查令来查询股东财产。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律依据与程序
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集的证据，或者人民法院认为审理案件需要的证据，人民法院应当调查收集。在破产程序中，管理人作为法院指定的代表，负责管理破产财产、调查债务人财产状况等，其地位类似于诉讼中的当事人，因此有权申请法院调查取证。
- 此外，虽然直接的法律条文可能并未明确提及“调查令”在破产程序中的具体应用，但调查令作为法院调查取证的一种手段，在民事诉讼中广泛适用，破产程序作为民事诉讼的特殊形式，同样可以借鉴和应用。
程序要求：
- 管理人需要向受理破产案件的法院提出书面申请，说明需要调查的证据内容、目的以及无法自行收集的原因。
- 法院在审查申请后，认为符合条件的，会签发调查令，指定管理人或其委托的律师等人员持令进行调查。
二、实践操作与注意事项
实践操作：
- 在实际操作中，管理人通常会根据破产案件的具体情况，确定需要调查的股东财产范围，如银行账户、房产、车辆等。
- 管理人或其委托的律师持调查令前往相关机构（如银行、不动产登记中心等）进行查询，这些机构在见到有效的调查令后，通常会配合提供相关信息。
注意事项：
- 管理人在申请调查令时，应确保申请内容的合法性和合理性，避免滥用调查权。
- 在调查过程中，管理人应遵守相关法律法规和职业道德规范，保护被调查人的合法权益。
- 如果调查过程中遇到阻碍或困难，管理人可以及时向法院报告，寻求法院的支持和协助。
三、法律后果与风险防范
法律后果：
- 如果管理人通过调查令成功查询到股东财产，并发现股东存在未履行出资义务、抽逃出资等违法行为，管理人可以依法向法院提起诉讼，要求股东承担相应的法律责任。
- 如果管理人滥用调查权或违反相关法律法规进行调查，可能会面临法律责任和声誉损失。
风险防范：
- 管理人在申请调查令前，应充分评估调查的必要性和可行性，确保调查目的合法、合理。
- 在调查过程中，管理人应严格遵守相关法律法规和职业道德规范，确保调查行为的合法性和合规性。
- 如果遇到复杂或疑难问题，管理人可以及时咨询专业律师或相关机构，寻求专业意见和支持。
综上所述，破产管理人在起诉出资人时，可以申请调查令来查询股东财产。但管理人在申请和使用调查令时，应严格遵守相关法律法规和程序要求，确保调查行为的合法性和合规性。如果您在破产程序中有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。