特殊医学用途配方食品（特殊医学用途奶粉）未注册的，将面临责令改正、罚款、没收违法所得、责令停产停业直至吊销许可证等行政处罚，情节严重构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。具体分析如下：

1. 行政处罚依据及种类
   根据《中华人民共和国食品安全法》第八十条及第一百二十四条，特殊医学用途配方食品需经国务院食品安全监督管理部门注册后方可生产销售。未取得注册而擅自经营的，监管部门将责令改正，并处以五万元以上十万元以下罚款；若拒不改正，将面临十万元以上五十万元以下罚款，同时可能被没收违法所得、违法经营的食品及用于违法生产经营的工具设备。情节严重的，监管部门可责令停产停业，直至吊销许可证。

2. 情节严重的认定标准
   若未注册行为伴随以下情形，可能被认定为“情节严重”：

   • 违法经营时间较长或规模较大；
     
   • 产品存在重大安全隐患，导致健康损害后果；
     
   • 多次违法被查处后仍不改正；
     
   • 伪造、篡改注册文件或逃避监管检查。
     此类情况下，处罚力度将显著加重，甚至可能触发刑事责任。

3. 刑事责任风险
   若未注册的特殊医学用途奶粉存在质量问题，导致消费者健康受损（如营养不良、器官损伤等），可能构成《刑法》第一百四十三条规定的生产、销售不符合安全标准的食品罪。根据危害后果，可处三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；若对人体健康造成严重危害或有其他严重情节，可处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金；后果特别严重的，甚至可能面临七年以上有期徒刑或无期徒刑。

建议：若您或企业涉及特殊医学用途配方食品的生产经营，务必提前完成注册程序，确保合规。若已面临处罚或刑事调查，可进一步向我咨询具体应对策略，我将结合案件细节提供专业法律意见。