结论：您父亲仍有权追回少拿的五年款项，但具体能否成功追回以及追回的金额，需结合合同条款、实际履行情况、诉讼时效等因素综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

一、合同条款与实际履行情况

1. 合同条款的明确性

   • 若合同中明确约定了鱼塘的亩数及对应的租金标准，而队长与承租老板签订的合同中亩数少于实际应租赁的亩数，导致您父亲少拿租金，这属于合同履行中的瑕疵。您父亲作为实际权利人，有权要求按照实际亩数补足租金。
   • 法律依据：根据《民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。

2. 实际履行情况的证明

   • 您父亲需要提供证据证明实际租赁的亩数以及少拿租金的事实。这可能包括但不限于：土地权属证明、之前的租金支付记录、与队长或承租老板的沟通记录等。
   • 建议：收集并整理相关证据，如土地证、租金收条、证人证言等，以支持您的主张。

二、诉讼时效问题

1. 诉讼时效的起算点

   • 诉讼时效通常从权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。在您父亲的情况下，如果他是最近才发现少拿了五年的租金，那么诉讼时效可能从发现之日起算。
   • 法律依据：根据《民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。

2. 诉讼时效的中断与延长

   • 如果您父亲在发现少拿租金后，曾向队长或承租老板主张过权利，或者有其他导致诉讼时效中断的情形（如对方同意履行义务等），那么诉讼时效可能会从中断之日起重新计算。
   • 建议：尽快采取行动，如发送律师函、提起诉讼等，以中断诉讼时效，确保您的权利得到保护。

三、追回款项的具体途径

1. 协商解决

   • 首先，您可以尝试与队长和承租老板进行协商，要求他们按照实际亩数补足租金。协商过程中，可以出示相关证据以支持您的主张。

2. 法律途径

   • 如果协商无果，您可以考虑通过法律途径解决。具体来说，可以向人民法院提起诉讼，要求队长和承租老板承担违约责任，补足少拿的租金。
   • 诉讼准备：在提起诉讼前，您需要准备好起诉状、相关证据材料等。如果可能的话，还可以咨询专业律师以获取更详细的法律建议。

四、可能面临的法律后果

1. 胜诉后的执行

   • 如果您胜诉后，队长和承租老板仍不履行判决义务，您可以向人民法院申请强制执行。法院将依法采取查封、扣押、拍卖等措施，以强制其履行义务。

2. 败诉的风险

   • 当然，也存在败诉的风险。如果证据不足或者诉讼时效已过等，法院可能会驳回您的诉讼请求。因此，在提起诉讼前，请务必充分准备证据并咨询专业律师。

最后建议：鉴于合同纠纷和房产问题的复杂性，我建议您尽快咨询专业律师（即我本人，冯浩律师），以便更详细地了解您的权利和义务，并制定合适的维权策略。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。