在公安阶段因证据不足取保候审90天的情况下，案件的处理方式将依据法律规定及案件具体情况进行，以下是对此问题的全面分析：

1. 继续侦查与补充证据

   • 公安机关侦查阶段：在取保候审的90天内，若公安机关认为需要更多证据以明确案件事实，将继续开展调查工作。这可能包括补充新的证人证言、查找新的物证、进行技术鉴定等，以确保收集到足够证明犯罪嫌疑人有罪或无罪的证据材料。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，公安机关在侦查过程中有权采取各种侦查措施，以收集证据、查明案情。

2. 解除取保候审与不起诉

   • 解除取保候审：若经过进一步侦查，仍然无法收集到足够证据证明犯罪嫌疑人有罪，公安机关应及时解除取保候审措施，并释放犯罪嫌疑人。这一决定应严格遵循《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关规定，确保犯罪嫌疑人的合法权益得到保障。
   • 不起诉决定：若案件移送至人民检察院审查起诉后，检察院认为证据不足，不符合起诉条件，将根据《刑事诉讼法》的规定，作出不起诉决定。被不起诉人在押的，应立即释放。

3. 变更强制措施

   • 在特定情况下，如犯罪嫌疑人可能存在逃避侦查或审判的风险，公安机关或检察机关可能会将取保候审变更为其他强制措施，如监视居住等。这一变更旨在确保诉讼活动的顺利进行，同时保障犯罪嫌疑人的合法权益。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，公安机关、人民检察院和人民法院有权根据案件情况，变更强制措施。

4. 后续诉讼阶段的可能处理

   • 人民检察院审查起诉阶段：若案件进入审查起诉阶段，检察院在审查案件时，若发现证据不足，可将案件退回公安机关进行补充侦查，或自行侦查。补充侦查的次数以二次为限，每次期限为一个月。
   • 人民法院审判阶段：在审判过程中，法院若发现证据不足，可建议人民检察院补充证据。检察院在补充证据后，可继续进行庭审。同时，法院也可根据案件实际情况，允许公诉机关延期审理以获取更多证据。若法院经过审理，认为证据不足，不能认定被告人有罪，应依法作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。

5. 申请国家赔偿

   • 若当事人因错误的取保候审而遭受经济损失或其他合法权益损害，可依法向有关国家机关申请国家赔偿。这一申请旨在维护当事人的合法权益，确保其在司法程序中受到公正对待。

建议与行动指南：

• 保持沟通：在取保候审期间，犯罪嫌疑人应保持与公安机关的沟通，及时了解案件进展情况，并配合公安机关的侦查工作。
• 咨询专业律师：若对案件处理有疑问或担忧，建议咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和指导。作为专业律师，我可以为你提供全面的法律咨询和辩护服务。
• 准备证据：若犯罪嫌疑人认为自己无罪或证据不足，应积极收集、整理相关证据，以支持自己的主张。

总结：在公安阶段因证据不足取保候审90天的情况下，案件的处理方式将依据法律规定及案件具体情况进行。犯罪嫌疑人应保持与公安机关的沟通，咨询专业律师，并积极准备证据以支持自己的主张。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。