在交通事故中，如果对方被认定为全责，那么其保险公司确实应当依据相关法律法规进行合法赔偿。以下是对此问题的详细解析：
一、主要法律依据
《中华人民共和国民法典》：该法典明确规定，机动车发生交通事故造成损害，且属于该机动车一方责任的，首先由承保机动车强制保险的保险人在强制保险责任限额范围内进行赔偿。若赔偿不足，再由承保机动车商业保险的保险人按照保险合同的约定进行赔偿。如果仍然不足或者没有投保机动车商业保险，那么由侵权人（即对方驾驶员）进行赔偿。
《中华人民共和国道路交通安全法》：该法规定，机动车发生交通事故造成人身伤亡、财产损失的，首先由保险公司在机动车第三者责任强制保险责任限额范围内进行赔偿。对于不足的部分，如果机动车之间发生事故，由有过错的一方承担赔偿责任；如果机动车与非机动车驾驶人、行人之间发生事故，且非机动车驾驶人、行人没有过错，那么由机动车一方承担赔偿责任。
《机动车交通事故责任强制保险条例》：该条例进一步明确了被保险机动车发生道路交通事故造成本车人员、被保险人以外的受害人人身伤亡、财产损失时，保险公司应依法在机动车交通事故责任强制保险责任限额范围内进行赔偿。
二、赔偿范围与顺序
交强险赔偿：交强险的赔偿范围包括死亡伤残赔偿（如丧葬费、死亡补偿费、残疾赔偿金等）、医疗费用赔偿（如医疗费、诊疗费、住院费等）以及财产损失赔偿。赔偿时，首先由交强险在责任限额内进行赔偿，且不区分事故责任比例。
商业三者险赔偿：当交强险的赔偿不足时，如果肇事车辆投保了商业三者险，那么超出部分将由商业三者险按照保险合同的约定进行赔偿。在对方全责的情况下，商业三者险应承担全部赔偿责任。
侵权人赔偿：如果交强险和商业三者险的赔偿仍然不足以覆盖损失，或者肇事车辆未投保商业三者险，那么剩余部分将由侵权人（即对方驾驶员或其雇主）承担赔偿责任。
三、赔偿流程与注意事项
及时报案：事故发生后，应立即向交警部门报案，并通知保险公司。这是启动赔偿流程的第一步。
保留证据：妥善保管所有与事故相关的证据，包括医疗记录、费用单据、收入证明等。这些证据将在后续的索赔过程中发挥关键作用。
协商理赔：在交警部门认定事故责任后，可以与保险公司协商理赔事宜。如果协商不成，或者对赔偿结果有异议，可以通过诉讼途径解决。
综上所述，如果交通事故中对方被认定为全责，那么其保险公司应当依据相关法律法规进行合法赔偿。在赔偿过程中，应遵循交强险优先、商业三者险补充、侵权人最终承担的原则，并确保及时报案、保留证据和协商理赔等步骤的顺利进行。