结论：客运站是否会对超员客车进行罚款，需分情况讨论，主要取决于客运站的管理规定及与运输企业的合同约定，但客运站的罚款行为需符合法律规定，不能随意处罚。

1. 客运站的管理规定与合同约定
   客运站作为运输服务的管理方，通常会制定内部管理规定，对进站运营的车辆进行规范。若客运站与运输企业（或车主）签订的合同中明确约定了超员行为的处罚条款（如罚款、停运等），且该条款不违反法律强制性规定，则客运站有权依据合同对超员车辆进行处罚。
   法律依据：根据《民法典》第四百六十五条，依法成立的合同受法律保护，当事人应按照约定履行义务。若合同中明确约定超员处罚，客运站可依据合同主张权利。

2. 客运站罚款的合法性边界
   即使合同中有处罚条款，客运站的罚款行为也需符合以下条件：

   • 罚款主体合法：客运站需具备行政处罚权或经法律授权，否则无权直接罚款。实践中，客运站通常通过合同约定“违约金”或“管理费”等形式实现处罚目的，而非行政罚款。
     
   • 罚款程序合法：处罚需遵循公平、公开原则，且需告知被处罚方处罚依据及申诉途径。若客运站随意罚款或未履行告知义务，可能构成违法。
     
   • 罚款金额合理：罚款金额需与超员行为的危害性相当，不得显失公平。若合同中约定的罚款金额过高，可能被法院或仲裁机构调整。

3. 交警处罚与客运站处罚的关系
   交警对超员客车的处罚属于行政处罚（如罚款、扣分等），而客运站的处罚属于民事合同范畴。两者性质不同，可并行存在。但需注意：

   • 若客运站以“行政处罚”名义罚款，可能涉嫌越权，因行政处罚权仅由行政机关行使。
     
   • 若运输企业已因超员被交警处罚，客运站再以同一事由罚款，可能违反《民法典》中“一事不再罚”原则（仅针对行政处罚，民事合同不受此限），但需结合合同具体条款判断。

建议：

• 若您作为车主或运输企业被客运站罚款，可先核查合同中是否有相关条款，并确认罚款程序是否合法。
  
• 若认为客运站处罚不当，可与其协商或通过法律途径解决（如仲裁、诉讼）。
  
• 日常运营中，建议严格遵守超员规定，避免因行政处罚或合同纠纷影响运营。
  

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