合同约定五年但到期时间为五年三个月的情况，可能涉及以下几种原因及法律分析：

1. 合同条款的明确约定
   首先需核查合同文本中关于期限的具体条款。若合同中明确写明“合同期限为五年，自某年某月某日起至某年某月某日止（共五年三个月）”，则属于双方自愿协商的结果，法律上并无禁止性规定。例如：

   • 计算方式：若合同起始日为2020年1月1日，期限写明“五年三个月”，则到期日应为2025年3月31日（1月+3月=4月，但按自然月计算为3月31日）。
     
   • 法律背景：根据《民法典》第四百七十条，合同内容由当事人约定，期限属于可协商条款，只要不违反法律强制性规定（如最长租赁期限不得超过二十年），即有效。

2. 试用期、续约条款或附加期限的叠加
   若合同中存在特殊条款，可能导致实际期限延长：

   • 试用期：劳动合同中可能约定试用期（最长不超过六个月），但试用期应包含在合同期限内。若合同写明“五年”，但实际履行中试用期单独计算，可能引发争议。
     
   • 续约条款：合同可能约定“五年期满后自动续约三个月”，此时需明确续约是否需双方确认，或为单方强制续约（后者可能因显失公平被撤销）。
     
   • 附加义务期限：如合同约定“五年服务期，但最后三个月为交接期”，此时需区分主合同期限与附加义务期限，避免混淆。

3. 计算错误或表述歧义
   若合同期限条款存在笔误或表述模糊，可能引发纠纷：

   • 示例：合同写“五年”，但附件或补充协议中写“五年三个月”，此时需结合合同目的、行业惯例等综合判断。
     
   • 法律建议：根据《民法典》第一百四十二条，有相对人的意思表示解释，应当按照所使用的词句，结合相关条款、行为的性质和目的、习惯以及诚信原则，确定意思表示的含义。若双方对期限理解不一致，可主张按有利于非起草方的解释处理。

4. 法律特殊规定的影响
   某些类型合同可能受法律特殊期限限制：

   • 劳动合同：根据《劳动合同法》第十九条，劳动合同期限三个月以上不满一年的，试用期不得超过一个月；三年以上固定期限和无固定期限的劳动合同，试用期不得超过六个月。若合同约定五年但试用期超过六个月，超出部分无效。
     
   • 租赁合同：根据《民法典》第七百零五条，租赁期限不得超过二十年。超过部分的，超过部分无效。但此规定与五年三个月的期限无关，仅作类比说明法律对期限的干预。

行动建议：

1. 核查合同文本：重点查看期限条款、续约条款、试用期条款等，确认是否存在叠加计算或特殊约定。
   
2. 协商或诉讼：若认为期限计算有误，可先与对方协商修改合同；协商不成，可向法院或仲裁机构申请确认合同效力或解除合同。
   
3. 证据固定：保存合同原件、沟通记录等证据，以备后续维权使用。

如有进一步疑问或需具体分析合同条款，可直接向我咨询。