结论：非法使用危险物质罪不予处罚的情况下，是否会有案底取决于具体情形。若不予处罚是因为行为不构成犯罪或情节显著轻微不认为是犯罪，则不会有案底；若不予处罚是因为存在法定免除处罚情节但已构成犯罪，则会有案底。

分析说明：

1. 不予处罚的两种情形：

   • 行为不构成犯罪或情节显著轻微不认为是犯罪：在这种情况下，由于行为本身并未达到犯罪的标准，或者情节非常轻微，不构成刑事犯罪，因此不会留下案底。例如，如果某人非法使用的危险物质数量极少，且未造成任何危害后果，可能被认定为情节显著轻微，从而不予处罚，也不会留下案底。
   • 存在法定免除处罚情节但已构成犯罪：如果行为已经构成犯罪，但由于存在某些法定免除处罚的情节（如自首、立功、未成年人犯罪等），法院可能决定免除处罚。然而，在这种情况下，由于行为已经构成犯罪，因此会留下案底。案底，即犯罪记录，是记录个人犯罪行为的法律文件，一旦形成，将长期保存。

2. 案底的影响：

   • 案底对个人未来的生活和工作可能产生一定影响。例如，某些职业（如公务员、律师、教师等）可能要求申请人无犯罪记录。此外，案底也可能影响个人的社会声誉和信用评级。

3. 法律建议：

   • 如果您或您身边的人面临非法使用危险物质罪的指控，并担心可能留下案底，建议尽快咨询专业律师。律师可以根据具体情况分析案件，提供法律意见，并帮助制定合适的辩护策略。
   • 同时，应积极配合调查，如实陈述事实，争取从轻或减轻处罚。如果存在法定免除处罚的情节，应及时向司法机关提出，并提供相关证据。

特殊场景：

• 在某些特殊情况下，即使行为构成犯罪并留下案底，也可能通过后续的法律程序（如封存犯罪记录、申请特赦等）来减轻或消除案底的影响。然而，这些程序通常具有严格的条件和限制，需要具体案件具体分析。

后续行动建议：

• 如果您对非法使用危险物质罪不予处罚及案底问题仍有疑问，或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供详细的法律意见和辩护策略。