明确结论：公司设置两套账是否违法，关键在于建账的目的和账套内容的真实性。若出于非法目的（如避税、财务造假等）设置两套账，则属于违法行为，将面临严重的法律后果；反之，如果公司基于合法、合理的管理需求，在同一会计主体内编制多套辅助账套，且这些账套的核算基础真实、未违反相关法律法规，则不构成违法。
法律依据与详细分析：
- 《中华人民共和国公司法》规定：根据《中华人民共和国公司法》第一百七十一条，公司除法定的会计账簿外，不得另立会计账簿。这是判断公司设置两套账是否违法的核心法律依据。若公司违反此规定，另立会计账簿，将可能面临法律制裁。
- 《中华人民共和国会计法》解读：各单位必须根据实际发生的经济业务事项进行会计核算，填制会计凭证，登记会计账簿，编制财务会计报告，不得做假账。设置两套账若涉及虚假记载或隐瞒真实情况，将违反会计核算的真实性原则，面临限期改正、罚款、行政处分乃至刑事责任等处罚。例如，若公司通过两套账隐瞒收入、虚增成本以逃避税款，将严重违反《中华人民共和国税收征收管理法》，构成偷税行为。
- 税收违法风险：税务机关对公司的税务申报和缴纳情况有严格的监管。若公司通过两套账隐瞒收入、虚增成本以逃避税款，税务机关将追缴税款、滞纳金，并处以高额罚款；情节严重时，还可能追究刑事责任。这不仅会影响公司的正常运营，还会对公司的声誉和信誉造成严重影响。
- 刑法相关规定：如公司通过两套账进行财务造假，情节严重的可能构成犯罪，如妨害清算罪、虚假破产罪等。这些罪行将导致直接负责的主管人员和其他直接责任人员面临有期徒刑、拘役及罚金等刑罚。因此，公司设置两套账不仅可能损害公司自身的利益，还可能对相关责任人的个人前途造成严重影响。
- 合法情况下的多套账设置：企业出于管理需要，可能在同一会计主体内编制多套辅助账套，用于内部管理、决策支持等。只要这些账套的核算基础真实、未违反法律法规，且建账目的合法，则不构成违法。例如，公司可能为了更详细地分析成本结构或销售情况而设置辅助账套，这些账套并不涉及虚假记载或隐瞒真实情况，因此是合法的。
总结与建议：
- 公司应严格遵守相关法律法规，确保会计信息的真实性和完整性。避免出于非法目的设置两套账，以免面临严重的法律后果。
- 对于因管理需要而设置的多套账套，公司应确保其合法性、合规性，并接受相关监管部门的监督。这有助于维护公司的声誉和信誉，促进公司的长期发展。
- 若公司发现自身存在设置两套账的情况，应及时纠正并主动向相关部门报告。通过积极配合调查和整改，公司可以降低法律风险和经济损失。
在实际操作中，公司应加强内部控制和风险管理，确保所有会计活动都符合法律法规的要求。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。