在刑事案件中，若第三人持有违法所得且不配合追缴，可采取以下措施进行处理：

1. 申请法院强制执行
   根据《中华人民共和国刑法》第六十四条及《中华人民共和国刑事诉讼法》相关规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔。若第三人明知是违法所得仍持有且拒不配合，司法机关可依法向法院申请强制执行，通过查封、扣押、冻结等措施强制追缴。

2. 启动民事诉讼程序
   若第三人通过非法手段获取违法所得（如洗钱、掩饰隐瞒犯罪所得等），可依据《中华人民共和国民法典》中关于不当得利返还的规定，向法院提起民事诉讼，要求第三人返还违法所得。此路径需证明第三人存在主观恶意及财产转移的关联性。

3. 追究第三人刑事责任
   若第三人行为构成犯罪（如洗钱罪、掩饰隐瞒犯罪所得罪），司法机关可依法对其立案侦查并追究刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》第三百一十二条，明知是犯罪所得而予以窝藏、转移、收购、代为销售或以其他方法掩饰、隐瞒的，可处三年以下有期徒刑、拘役或管制，并处或单处罚金。

4. 综合运用行政手段
   对于涉及金融账户的违法所得，可协调银行、支付机构等冻结相关账户；对于不动产或车辆，可协调不动产登记中心、车管所等部门限制交易。通过多部门协作形成执行合力。

实务建议：

• 司法机关需严格区分“善意取得”与“恶意持有”，避免扩大追缴范围；
  
• 注重证据链的完整性，尤其是第三人主观明知的证明（如交易价格异常、资金流向异常等）；
  
• 对拒不配合的第三人，可依法采取罚款、拘留等强制措施，形成震慑效应。
  

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