建筑工程合作协议由个人签订是否无效，需根据具体情况判断，主要取决于个人是否具备相应资质、工程是否合法以及协议内容是否符合法律法规。以下从多个角度进行详细分析：
有效的情况
个人具备相应资质且工程合法：
- 分析说明：若个人拥有承包该工程所需的专业技术能力、工程经验、人员配备和资金实力，并依法取得了相关资质证书，同时工程本身合法合规，那么个人签订的建筑工程合作协议通常是有效的。例如，在小型家庭装修工程中，具备从业资格证书的装修工匠与业主签订的协议即为有效。
- 法律依据：虽然《中华人民共和国建筑法》主要规定从事建筑活动的单位应具备相应资质条件，但在某些特定情况下，个人满足这些条件时，其签订的协议在法律上也是被认可的。
特定工程类型允许个人承包：
- 分析说明：对于某些规模较小、技术要求低或具有特殊性的工程，法律可能不强制要求承包方为企业法人。在此情况下，个人作为承包方签订的协议有效。如农村地区的小型农田水利工程、简单的乡村道路修建等，可能由有能力的个人承包。
- 法律依据：具体地区的管理办法或政策规定可能明确哪些类型的工程允许个人承包及相应条件。
无效的情况
个人不具备相应资质：
- 分析说明：在大型基础设施建设、高层建筑、公共建筑等对质量和安全要求较高的工程项目中，法律明确要求承包方具备企业法人资质和专业资质等级。个人若无此资质而签订协议，则协议通常无效，因其可能缺乏确保工程质量和安全的能力。
- 法律依据：《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第一条规定，承包人未取得建筑业企业资质或超越资质等级的，建设工程施工合同无效。
违反法律法规的强制性规定：
- 分析说明：若建筑工程合作协议内容违反环境保护、城乡规划等法律法规的强制性规定，或约定的承包方式、计价方式等违反建筑市场管理规定，即使个人具备资质，协议也可能无效。
- 法律依据：《中华人民共和国民法典》第一百五十三条规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。
违背公序良俗：
- 分析说明：若协议内容本身违背公序良俗，如存在欺诈、胁迫等不正当手段，同样可能导致协议无效。
- 法律依据：《中华人民共和国民法典》第一百五十三条还规定，违背公序良俗的民事法律行为无效。
其他违法情况：
- 分析说明：若协议签订时非自愿、存在欺诈胁迫等情形，或者涉及违法分包、转包等行为，同样可能导致协议无效。
- 法律依据：依据《中华人民共和国民法典》的相关规定，上述情形下的民事法律行为均属无效。
法律建议
- 签订前审查资质：在签订建筑工程合作协议前，务必审查对方是否具备相应的资质和条件，确保工程合法合规。
- 明确协议内容：协议内容应明确具体，包括工程范围、质量标准、工期、价款支付等条款，避免模糊不清导致纠纷。
- 咨询专业意见：对于复杂的建筑工程合作协议，建议咨询专业律师的意见，确保协议的合法性和有效性。
总结来说，建筑工程合作协议由个人签订是否无效，需根据具体情况判断。在签订前，务必审查对方资质、明确协议内容，并在必要时咨询专业律师的意见，以确保协议的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。