债权人若要以恶意串通为由主张合同无效，需准备充分的证据来证明合同双方存在恶意串通的行为，且该行为损害了债权人的合法权益。具体来说，可以从以下几个方面准备证据：
书面证据：
- 信件、邮件、聊天记录：这些书面材料能够直接反映合同双方是否存在恶意串通的意图。例如，双方讨论如何通过虚假交易转移资产以逃避债务的聊天记录，就是有力的证据。
- 合同文本及附件：仔细审查合同条款，看是否存在明显不合理或损害第三方利益的内容。如合同中的价格条款明显偏离市场价格，或者存在对一方明显不利的条款，这些都可能成为证明恶意串通的线索。
证人证言：
- 知晓双方恶意串通情况的证人：如果有人目击或了解到合同双方存在恶意串通的行为，他们的证言将是非常重要的证据。例如，公司的员工可能知晓高管与外部主体串通侵吞公司资产的情况，他们的证言将有助于证明恶意串通的存在。
交易记录及财务资料：
- 不合理的交易价格、流程等记录：如低价转让资产、虚报工程造价等，这些记录能够显示合同双方是否存在通过不正当手段损害第三方利益的行为。
- 资金流向记录：通过审查合同双方的资金往来，看是否存在异常的资金流动，如大额资金在合同签订前后迅速转移等，这些都可能成为证明恶意串通的证据。
其他辅助证据：
- 关联关系证据：如果合同双方存在关联关系，如亲属、商业伙伴等，且交易行为偏离市场正常价格或商业逻辑，这可能成为推定恶意串通的依据。
- 程序瑕疵证据：如未履行法定审批程序的国有资产转让、违反公司章程的担保行为等，这些程序问题也可能作为认定恶意的佐证。
在司法实践中，法院会综合考虑以下因素来认定恶意串通：
- 交易背景：审查合同签订的市场环境、交易主体关系等，判断是否存在关联企业间的非正常商业逻辑交易。
- 交易目的：判断合同目的是否正当合理，如规避法律义务、损害第三人利益等，则更可能被认定为恶意串通。
- 交易过程的合理性：分析合同签订、履行过程是否符合商业习惯，如款项支付、货物交付等是否异常。
法律后果方面：
- 如果法院认定合同双方存在恶意串通行为，那么该合同将被视为自始无效，不具有法律约束力。
- 因恶意串通取得的财产可能面临被收归国家所有或返还给受损方的风险。
举例来说：
假设A公司欠B公司大量债务，A公司的法定代表人甲与C公司（与甲有关联关系）签订了一份明显低于市场价格的资产转让合同，将A公司的核心资产转让给C公司，以逃避对B公司的债务。在这种情况下，B公司可以收集A公司与C公司之间的交易记录、资金流向记录、甲与C公司之间的关联关系证据等，以证明A公司与C公司存在恶意串通行为，损害了B公司的合法权益。如果证据充分，法院可能会认定该资产转让合同无效，并判决C公司返还资产或赔偿损失。
最后需要强调的是，恶意串通的认定是一个综合考量的过程，需要依据法律规定、构成要件、有效证据及司法实践中的具体因素进行综合判断。因此，在实际操作中，应严格遵循法律法规，确保认定的准确性和公正性。如果你在这方面有进一步的疑问或需要具体的法律帮助，可以直接向我咨询。