结论：农村集体用地在2006年村集体以每亩若干元长期转让的合同，其有效性需根据具体情况判断，若转让行为符合当时法律法规且履行了相关程序，则合同有效；若存在违法情形，则合同可能无效或部分无效。以下从不同角度进行详细分析：

一、法律法规背景

1. 《土地管理法》相关规定：

   • 根据《土地管理法》（2004年修正版，当时有效）第六十三条规定，农民集体所有的土地的使用权不得出让、转让或者出租用于非农业建设；但是，符合土地利用总体规划并依法取得建设用地的企业，因破产、兼并等情形致使土地使用权依法发生转移的除外。
   • 这意味着，在一般情况下，农村集体用地（尤其是农用地）不得随意转让用于非农业建设。若转让行为涉及农用地转为建设用地，必须依法办理农用地转用审批手续。

2. 转让程序要求：

   • 农村集体用地转让还需满足一系列程序要求，如需经本集体经济组织成员的村民会议三分之二以上成员或者三分之二以上村民代表的同意，并报乡（镇）人民政府批准等。

二、合同有效性分析

1. 合法转让情形：

   • 若转让行为符合当时法律法规的规定，即转让的是符合土地利用总体规划的建设用地，且已依法办理了相关审批手续，同时履行了必要的民主议定程序，那么该转让合同是有效的。
   • 在此情况下，村集体以每亩若干元的价格长期转让土地使用权，只要价格合理且双方自愿，合同内容不违反法律法规的强制性规定，即可认定为有效合同。

2. 违法转让情形：

   • 若转让行为违反了当时法律法规的规定，如转让的是农用地且未依法办理农用地转用审批手续，或者未履行必要的民主议定程序等，那么该转让合同可能是无效的或部分无效的。
   • 在此情况下，即使双方已经签订了转让合同，也可能因违法而面临合同被撤销或确认无效的风险。此时，村集体可能需要承担相应的法律责任，如返还转让款、赔偿损失等。

三、法律建议

1. 审查合同内容：

   • 建议首先审查转让合同的具体内容，包括转让的土地类型、用途、面积、价格、转让期限等条款，以及是否履行了必要的审批和民主议定程序。

2. 咨询当地土地管理部门：

   • 由于土地管理政策具有地域性和时效性，建议咨询当地土地管理部门或相关政府部门，了解当时的具体政策和规定，以便更准确地判断合同的有效性。

3. 寻求法律救济：

   • 若合同存在违法情形或双方对合同效力存在争议，建议及时寻求法律救济，如通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决纠纷。

最后，农村集体用地转让涉及复杂的法律问题和政策规定，建议在实际操作中谨慎处理，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。若您有任何关于合同纠纷或房产问题的疑问，可以直接向我咨询。