当决算的金额超过协议约定时，具体处理方式需结合协议条款、法律规定及实际情况综合判断。以下是分情况说明及建议：

1. 协议中有明确约定超支处理条款
   若协议中已约定“决算金额超过预算时的处理方式”（如按比例分摊、由某一方承担、需双方书面确认等），则应优先按协议条款执行。例如：

   • 若约定“超支部分由甲方承担”，则乙方有权要求甲方支付差额；
     
   • 若约定“需双方重新协商并签署补充协议”，则需按流程完成协商并书面确认，否则超支部分可能无法直接主张。
     建议：立即核对协议原文，确认超支条款的具体内容，并保留协议原件及决算文件作为证据。

2. 协议未约定超支处理条款，但存在法定情形
   若协议未明确约定，可依据《民法典》中关于“合同变更”或“情势变更”的规定处理：

   • 合同变更：若超支因工程量增加、设计变更等合理原因导致，且双方实际履行了超支部分的工作（如乙方已实际完成额外工程），可主张按实际履行情况调整价款。但需证明超支与协议履行的关联性（如变更通知、验收记录等）。
     
   • 情势变更：若超支因不可预见、不可归责于双方的原因（如政策调整、材料价格暴涨），可依据《民法典》第533条请求变更或解除协议，但需通过法院或仲裁机构认定。
     建议：收集超支原因的证据（如变更签证、市场价格证明等），并评估是否符合法定情形，再决定是否通过协商或诉讼解决。

3. 协议未约定且无法定情形，但双方已实际履行超支部分
   若超支部分已实际履行（如乙方已完成额外工程且甲方已使用），可依据《民法典》中“事实合同”或“不当得利”的原则主张权利：

   • 若甲方接受超支部分成果且未提出异议，可能被认定为以行为同意变更协议，乙方有权要求支付对应价款；
     
   • 若甲方拒绝支付，乙方需证明超支部分的合理性及甲方实际受益的事实（如验收报告、使用记录等）。
     建议：整理超支部分的实际履行证据（如工作记录、沟通记录、甲方验收文件等），并尝试与甲方协商补签协议或支付差额。

4. 协议未约定且甲方拒绝支付超支部分
   若甲方明确拒绝支付，且无协议或法律依据支持超支主张，乙方可能面临无法直接追偿的风险。此时需评估：

   • 超支是否因乙方自身原因导致（如施工浪费、管理不善），若是，可能需自行承担；
     
   • 是否存在其他救济途径（如追究第三方责任、主张违约损失等）。
     建议：先通过书面函件向甲方说明超支原因及法律依据，要求协商解决；若协商无果，可依据协议争议解决条款（如仲裁或诉讼）维护权益。

总结：决算超支的处理需以协议约定为优先，无约定时结合法定情形和实际履行情况综合判断。建议立即核对协议条款、收集证据，并根据具体情况选择协商、补充协议或法律途径解决。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体细节。