男方在婚姻内发现女方出轨怀孕，确实有权要求进行亲子鉴定，但这一权利的实现需满足一定条件并遵循法定程序。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律基础与权利来源
《民法典》的相关规定：
- 根据《民法典》第一千零七十三条，对亲子关系有异议且有正当理由的，父或者母可以向人民法院提起诉讼，请求确认或者否认亲子关系。这一条款为男方在怀疑子女非亲生时提供了法律救济途径。
权利行使的条件：
- 男方需有“正当理由”怀疑子女非亲生，这通常基于女方出轨的事实以及怀孕时间与婚姻关系存续期间的吻合度等客观情况。
- 男方不能单方面强制进行亲子鉴定，而需通过法律程序，即向人民法院提起诉讼，由法院根据案情决定是否准许进行亲子鉴定。
二、实际操作与程序要求
提起诉讼：
- 男方应准备充分的证据，如女方出轨的证据、怀孕时间与婚姻关系存续期间的吻合度证明等，以支持其诉讼请求。
- 男方需向有管辖权的人民法院提起诉讼，请求确认或否认亲子关系。
法院的审查与决定：
- 法院在受理案件后，会对男方提供的证据进行审查，判断其是否有“正当理由”怀疑子女非亲生。
- 若法院认为男方的请求合理且有必要，会准许进行亲子鉴定，并指定具有资质的鉴定机构进行鉴定。
鉴定结果的效力：
- 亲子鉴定结果具有法律效力，是确认或否认亲子关系的重要依据。
- 若鉴定结果显示子女非男方亲生，男方可以据此主张相关权利，如离婚时的财产分割、损害赔偿等。
三、特殊情况与注意事项
女方拒绝配合：
- 若女方拒绝配合进行亲子鉴定，法院可能根据男方提供的证据以及案件情况，推定男方的主张成立。但这一推定并非绝对，需结合具体案情进行判断。
保护子女权益：
- 在进行亲子鉴定的过程中，应充分考虑子女的权益和感受，避免对子女造成不必要的伤害。
- 若子女已具有一定认知能力，法院在决定是否进行亲子鉴定时，可能会征求子女的意见。
法律后果的多样性：
- 若亲子鉴定结果确认子女非男方亲生，男方不仅可以在离婚时主张更多的财产权益，还可以根据具体情况要求女方承担损害赔偿责任。
- 若亲子鉴定结果确认子女为男方亲生，则男方需承担相应的抚养义务，且不得再以此为由主张相关权利。
总结与建议：男方在婚姻内发现女方出轨怀孕时，有权要求进行亲子鉴定以确认或否认亲子关系。但这一权利的实现需通过法律程序进行，且需满足一定条件。因此，建议您在发现此类情况时，及时收集证据并向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。同时，在整个过程中，也应充分考虑子女的权益和感受，避免对子女造成不必要的伤害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。