结论：辅警在正式交警的带领下或从事特定的辅助性工作时，上路查车且交警坐在车内是合法的；但若辅警单独执法或超出授权范围，则构成违法行为，此时交警坐在车内并不改变辅警行为的违法性。
合法情况分析
在正式交警带领下：
- 辅警可以在公安机关人民警察（如交警）的带领或监督下，开展协助执法工作。例如，在交通繁忙的路口或警力有限的情况下，辅警在交警的带领下对过往车辆进行例行检查，如查看驾驶证、行驶证等证件。这种情况下，交警坐在车内指挥或监督辅警的执法行为，是合法的。辅警的执法行为被视为交警执法行为的延伸，具有合法性。
从事特定辅助性工作：
- 辅警在其职责范围内，可以协助交警从事一些辅助性的查车工作。这些工作包括但不限于引导车辆靠边停车、维持查车现场秩序、对车辆信息进行初步登记等。在这些情况下，交警可能坐在车内，而辅警在车外执行辅助任务。只要辅警的行为没有超出其授权范围，这种执法模式就是合法的。
违法情况分析
辅警单独执法：
- 辅警不具备独立的执法资格，不能单独上路对车辆进行执法检查。如果辅警在没有正式交警带领或监督的情况下，自行对车辆进行拦截、检查、处罚等执法行为，即使交警坐在车内（如果交警并未实际参与或监督辅警的执法行为），辅警的行为也构成违法。因为辅警的单独执法行为违反了法律规定，交警的存在并不能使其合法化。
辅警超出授权范围：
- 辅警在查车过程中，必须严格遵守其被授权的辅助性工作范围。如果辅警实施了只有交警才能行使的执法权力，如罚款、扣分等具体的处罚决定，即使交警坐在车内，辅警的行为也属于违法。因为辅警超出了其职责范围，行使了不应由其行使的执法权力。
法律建议
对于公众：在遇到辅警查车时，应首先确认辅警是否在正式交警的带领下或是否从事特定的辅助性工作。如果辅警的行为合法，应积极配合执法；如果认为辅警的行为违法或存在疑问，可以要求辅警出示相关证件或联系正式交警进行确认。
对于辅警：应严格遵守法律规定和职责范围，不得单独执法或超出授权范围行使执法权力。在协助交警执法时，应听从交警的指挥和监督，确保执法行为的合法性和规范性。
对于交警部门：应加强对辅警的培训和管理，确保辅警了解并遵守法律规定和职责范围。同时，应建立健全的监督机制，对辅警的执法行为进行监督和检查，及时发现并纠正违法行为。
总之，辅警上路查车且交警坐在车内是否违法，取决于辅警是否在正式交警的带领下或是否从事特定的辅助性工作。在任何情况下，辅警都不能单独执法或超出其授权范围行使执法权力。