结论：旷工自离后，公司只支付百分之五十的工资，这一做法是否合法，需根据具体情况判断，但一般情况下，这种做法是不合法的。
分析说明：
旷工自离的法律后果：
- 旷工自离，即员工未经公司同意，擅自离职且未办理离职手续。这种行为通常违反了公司的规章制度和劳动合同的约定。
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工严重违反公司规章制度的，公司有权解除劳动合同。但解除劳动合同并不意味着公司可以随意扣减员工工资。
工资支付的法律要求：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的规定，员工提供了正常劳动，公司就应当支付相应的工资。
- 工资应当以货币形式按月支付给员工本人，不得克扣或者无故拖欠。
- 即使员工旷工自离，公司也只能在员工实际未提供劳动的天数内不支付工资，而不能随意扣减已提供劳动天数的工资。
旷工自离后工资扣减的合法性：
- 如果公司规章制度或劳动合同中明确规定了旷工自离的工资扣减标准，且该标准不违反法律法规的强制性规定，那么公司可以按照该标准扣减工资。但扣减的比例通常不能过高，且必须合理。
- 在没有明确规定的情况下，公司只支付百分之五十的工资，这一做法很可能违反了法律法规关于工资支付的要求，因此是不合法的。
法律建议：
- 对于员工：如果公司以旷工自离为由扣减了你的工资，你可以先查看公司的规章制度和劳动合同中是否有相关约定。如果没有约定或约定不合法，你可以向公司提出异议，要求公司按照法律法规支付全额工资。如果公司拒绝支付，你可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 对于公司：建议公司在制定规章制度和劳动合同时，明确旷工自离的工资扣减标准，并确保该标准合法合理。同时，在处理旷工自离事件时，应依法依规进行，避免侵犯员工的合法权益。
可能后果：
- 如果公司违法扣减员工工资，除了需要支付全额工资外，还可能面临劳动监察部门的处罚和员工的法律诉讼，这将给公司带来不必要的法律风险和经济损失。
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