结论：在协议中，甲乙双方谁先盖章并没有法律上的强制规定，关键在于双方是否就合同条款达成一致，并完成符合法律规定的订立合同方式（如盖章、签字等）。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律层面
无明确规定：
- 我国《民法典》等相关法律法规并未明确规定合同签署时甲方和乙方的盖章顺序。因此，从法律角度来看，双方可以自由选择先盖章的一方。
效力相同：
- 无论哪一方先盖章，只要双方在合同上加盖了公章或合同专用章，且符合法律规定的生效要件（如双方具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律强制性规定等），合同即具有法律效力。
约定优先：
- 若合同中明确规定了盖章的顺序，则双方应按照约定的顺序进行。这体现了双方的意思自治原则，即双方可以通过协商确定合同的具体条款，包括盖章的顺序。
二、实践层面
双方协商确定：
- 在实际操作中，甲乙双方通常会通过协商来确定盖章的顺序。这取决于双方的谈判地位、合作习惯以及具体项目的需求。例如，在某些情况下，起草合同的一方可能会先盖章，以表示对合同文本的初步确认和推动合同进程的意愿。
行业惯例：
- 在某些行业中，可能存在特定的盖章惯例。例如，在建筑工程行业，发包方（甲方）可能因处于主导地位而先盖章；而在零售加盟行业，加盟方（乙方）可能先盖章表达合作意向。然而，这些惯例并非法律强制要求，而是基于行业实践和双方协商的结果。
同时盖章：
- 为避免因盖章先后而产生的争议，双方也可以选择同时在场完成盖章。这既体现了双方的平等地位，也彰显了合作的诚意。
三、风险与注意事项
风险：
- 如果一方先盖章后将合同交付给另一方，而另一方在合理期限内未盖章或后续否认合同的效力，先盖章的一方可能面临合同不被承认或对方拒绝履行合同义务的风险。
防范措施：
- 仔细核对合同条款：在盖章前，双方应仔细核对合同条款，确保合同内容符合双方的意愿和法律规定。
- 明确约定盖章事宜：如果双方对盖章顺序存在争议，应通过友好协商或法律途径及时解决，并在合同中明确约定盖章的相关事宜，如盖章的时间、地点、方式等，以增强合同的严谨性和可执行性。
- 保留证据：为了防范潜在的法律纠纷，建议双方在盖章后妥善保管合同原件及相关证据材料。
四、具体建议
- 充分沟通：在签订合同前，双方应充分沟通并明确盖章的相关事宜，包括盖章的顺序、时间、地点等，以确保合同的顺利签订和履行。
- 灵活协商：根据实际情况和合同约定，双方可以灵活协商确定盖章的顺序。如果一方希望加快合同生效流程，而另一方对此无异议，那么可以协商由该方先盖章。
- 确保合法性与有效性：无论哪一方先盖章，都应确保盖章的真实性和合法性。同时，双方应仔细核对合同条款，确保合同的完整性和准确性。
总结：协议中甲乙双方谁先盖章并没有固定的规则，关键在于双方是否就合同条款达成一致，并完成符合法律规定的订立合同方式。在签订合同前，双方应充分沟通、协商并确定盖章顺序等相关事宜，以避免后续可能出现的纠纷和风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。