结论：即使建设工程合同无效，但若因甲方原因导致工程延期完成，乙方仍有权主张延期损失的费用。以下从不同角度详细分析：
一、法律依据与合同无效不影响索赔的原则
合同无效的法律后果：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同无效并不意味着所有条款都无效，特别是关于损失赔偿的条款，在符合法律规定的情况下，仍可被参照或直接适用。合同无效后，有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
索赔的法律依据：即便合同无效，乙方仍可依据《中华人民共和国民法典》中关于侵权责任或不当得利的规定，以及建设工程领域的特别规定（如第八百零三条、第八百零四条），向甲方主张因延期造成的损失。这些条款保护了承包人在发包人违约或未履行义务时的合法权益，包括赔偿停工、窝工等损失。
二、赔偿范围的确定
直接损失：
- 包括因延期而产生的额外人工费、材料费、设备租赁费等实际支出。这些费用是乙方因甲方原因而额外承担的，应当得到赔偿。
- 乙方需保留好相关凭证和记录，如工资单、采购发票、租赁合同等，作为计算赔偿的依据。
间接损失：
- 可能涵盖因延期而导致的利润损失、管理费用增加等。这些损失虽然不如直接损失那样直观，但也是乙方因甲方原因而遭受的实际损失。
- 间接损失的计算相对复杂，需更充分的证据支持，如财务报表、市场分析报告等，以证明损失的存在和金额。
违约金：
- 如果合同中明确规定了因延期应支付的违约金，即使合同无效，乙方仍有权要求甲方支付违约金（如果违约金条款被认定为独立存在的，或者双方对违约金有特别约定且该约定不违反法律强制性规定）。但需注意，违约金的支付需以合同中有明确约定为前提，且违约金的金额应合理，不得过分高于实际损失。
三、赔偿程序的启动与注意事项
及时通知与协商：
- 乙方在发现因甲方原因导致工程延期时，应及时书面通知甲方，说明延期原因、影响及预计赔偿金额。
- 双方应尝试友好协商解决赔偿问题，以达成互利共赢的解决方案。
索赔申请的提交：
- 如果协商无果，乙方应按照合同中的索赔程序（如果有的话）或相关法律法规的规定，提交正式的索赔申请。
- 索赔申请应详细列明赔偿项目、金额及计算依据，并附上相关证据材料，如通知记录、协商记录、损失凭证等。
法律途径的考虑：
- 若甲方拒绝赔偿或双方无法就赔偿金额达成一致，乙方可考虑通过法律途径解决争议，如提起诉讼或申请仲裁。
- 在诉讼或仲裁过程中，乙方需提供充分的证据证明甲方的原因导致工程延期以及自己因此遭受的损失。
注意事项：
- 乙方应确保索赔要求的及时性和准确性，避免因延迟或证据不足而影响赔偿成功率。
- 在处理赔偿问题时，乙方应严格遵循合同约定和相关法律法规的规定，对于模糊或争议条款，可寻求专业法律帮助以确保自身权益得到有效保护。
四、实际案例与启示
在实际操作中，因甲方原因导致工程延期并引发赔偿纠纷的案例屡见不鲜。例如，某工程因甲方未按时提供施工条件而导致延期，乙方在及时通知甲方并协商无果后，通过法律途径成功获得了包括直接损失和间接损失在内的全额赔偿。这一案例启示我们，在面对类似纠纷时，乙方应积极主张自己的权益，通过合法途径寻求赔偿。
总结与建议：即使建设工程合同无效，但若因甲方原因导致工程延期完成，乙方仍有权主张延期损失的费用。在处理此类纠纷时，乙方应全面审查合同条款和相关法律法规，准确确定赔偿范围，并严格按照程序和注意事项进行索赔。如有需要，可直接向我咨询相关法律问题。