合作双方结束合作后，一方是否可以补偿另一方在合同期间的损失，这主要取决于合同中的具体约定以及损失的性质和原因。以下从不同角度进行分析：
合同有明确约定：
- 如果双方在合同中明确约定了合作结束后一方需对另一方在合同期间的损失进行补偿，那么这种约定是具有法律效力的。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。因此，在这种情况下，受损方有权依据合同约定要求对方进行补偿。
合同无明确约定，但损失由对方造成：
- 如果合同中没有明确约定补偿条款，但损失是由于对方在合同期间的违约行为、过错行为或违法行为造成的，那么受损方仍然有权要求对方进行赔偿。这通常涉及到侵权责任或违约责任的问题。根据《中华人民共和国民法典》中关于侵权责任和违约责任的规定，因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任；当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
合同无明确约定，且损失非对方造成：
- 如果合同中没有明确约定补偿条款，且损失并非由对方造成，而是由于市场风险、政策变化等不可抗力因素或受损方自身原因导致的，那么受损方通常无权要求对方进行补偿。在这种情况下，损失应由受损方自行承担。
法律建议：
- 在签订合同时，双方应尽可能明确约定合作期间及合作结束后的权利义务关系，包括损失补偿条款。这有助于减少合作结束后的纠纷和争议。
- 如果合作期间发生了损失，受损方应及时收集证据，证明损失的存在以及损失与对方行为之间的因果关系。这有助于在后续的法律程序中维护自己的合法权益。
- 如果双方无法就损失补偿问题达成一致意见，受损方可以考虑通过法律途径解决纠纷。在提起诉讼或申请仲裁前，建议咨询专业律师的意见，以制定合适的诉讼策略或仲裁方案。
可能法律后果：
- 如果受损方成功证明对方应承担补偿责任，且法院或仲裁机构支持其诉求，那么对方将需要按照判决或裁决的结果进行补偿。
- 如果受损方无法证明对方应承担补偿责任，或者法院或仲裁机构不支持其诉求，那么受损方将需要自行承担损失，并可能面临诉讼或仲裁费用的支出。
总之，合作双方结束合作后一方是否可以补偿另一方在合同期间的损失，需要根据合同约定、损失性质和原因以及相关法律法规进行综合判断。如有具体法律问题，可以直接向我咨询。