应以书面合同中约定的6个月实习期为准，但若邮件内容构成对原合同的合法变更，则以变更后的3个月为准。具体分析如下：

1. 书面合同优先原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第四百六十九条，书面形式是合同成立的重要形式，包括合同书、信件、电报、电传、传真等可以有形地表现所载内容的形式。
   • 书面合同具有明确性、稳定性和可证明性，是双方权利义务的主要依据。因此，在合同与邮件内容存在冲突时，原则上应以书面合同为准。

2. 邮件变更合同的效力：

   • 如果邮件内容是在双方协商一致的基础上，对原合同中的实习期进行了变更，并且该变更不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该变更具有法律效力。
   • 根据《中华人民共和国民法典》第五百四十三条，当事人协商一致，可以变更合同。因此，如果邮件内容确实构成了对原合同的合法变更，那么应以变更后的内容（即3个月转正）为准。

3. 实际履行与证据收集：

   • 在实际操作中，如果双方已经按照邮件中约定的3个月转正进行了履行，并且没有提出异议，那么这也可以作为认定邮件变更合同效力的一个因素。
   • 同时，为了证明邮件变更合同的效力，建议收集相关证据，如邮件往来记录、双方沟通记录等，以备不时之需。

4. 建议与风险提示：

   • 如果对邮件是否构成对原合同的合法变更存在疑问，建议及时与对方沟通确认，并保留好相关证据。
   • 如果双方无法达成一致意见，可以考虑通过法律途径解决争议，如起诉或申请仲裁等。在此过程中，书面合同和邮件等证据将起到至关重要的作用。